交通专项资金实行财政直接拨付的指导思想是：根据社会主义市场经济体制下公共财政的发展要求，借鉴国际通行做法和成功经验，结合交通专项资金使用管理的特点，建立职责清晰、管理规范、运作高效的财政资金直接拨付制度，提高资金使用效率，促进交通事业健康发展。
根据上述指导思想，交通专项资金实行财政直接拨付遵循以下原则：
（一）规范操作程度，保证正常用款。各相关职能部门（单位）对用款单位根据财政预算等提出的用款申请，要按规定程序和时间完成审核、复核、拨付工作，不能因拨付方式的改变而影响正常用款。
（二）明确职能分工，强化管理职责。交通专项资金实行财政直接拨付，不改变预算单位原有的预算级次、资金使用权和财务会计管理等职责。财政部门对资金使用的监督方式，由事后监督变为事前监督与事后监督并重。相应明确用款单位、交通和财政主管部门等在资金申请、审核、拨付、使用、管理和监督等方面的职责。
（三）科学设计制度，积极稳妥推行。实施方案和具体操作办法的制定，既要借鉴国际经验，又要考虑交通专项资金的特点，先在部分省份实施，逐步向全国推开。
三、交通专项资金实行财政直接拨付的主要内容
交通专项资金实行财政直接拨付的主要内容是：确定财政直接拨付的交通专项资金范围；规范资金申请、审核程序，加强资金使用的事前监督；改革资金拨付方式，由中央财政将资金直接拨付到用款单位；进一步明确相关部门和单位的职责，加强相互协调配合。
（一）财政直接拨付的交通项资金范围
本方案确定的财政直接拨付的交通专项资金，是指中央财政从车辆购置税收入中安排的用于下列项目支出的资金：纳入行业规划的国家干线公路、特大桥梁、隧道建设，重要公路立交、公路与铁路交叉道口的改建，以及具有重要意义的省级干线公路建设；与上述公路相配套的重点汽车客货场、站设施建设；农村公路、扶贫公路、陆岛公路、边境口岸公路、断头路、ＧＢＭ工程、文明样板路、危桥改造和公路网技术结构升级改造等建设；科研试验费、前期工作费、在建公路自然灾害补助等；国务院和财政部批准的内河航运建设及其他支出项目。
（二）资金申请、审核程序
用款单位根据财政预算等，提出资金使用申请，按规定程序报省级交通主管部门；省级交通主管部门审核汇总提出本省用款申请，经财政部驻项目所在省份的财政监察专员办事处（以下简称专员办）审核签署意见后，由省级交通主管部门报交通部；交通部审核汇总并根据有关情况对各省资金使用申请进行统一平衡后，报送财政部。
（三）资金拨付方式
