（一）项目研制单位根据批复的项目建议书、项目实施方案或项目资金申请报告编制年度项目经费支出建议，上报归口管理科研项目的有关部门（单位）。
（二）归口管理科研项目的有关部门（单位）汇总后，按部门预算规定时间向财政部提出下一年度的经费预算建议（“一上”），并抄送国防科工委。
（三）国防科工委审查和综合平衡后，按财政部预算规定时间向财政部提出下一年各项科研经费预算安排意见。财政部综合平衡后向国防科工委下达下一年度各项科研经费预算控制指标。
（四）国防科工委在年度科研经费预算控制指标内，根据项目进展情况或合同执行情况，提出分研制单位、分项目经费安排意见送财政部。
（五）财政部审核后向各归口管理科研项目的有关部门（单位）下达分研制单位、分项目经费预算控制指标（“一下”）。各归口管理科研项目的有关部门（单位）据此编制本部门（单位）预算报财政部审批（“二上”），并抄送国防科工委。
（六）财政部在全国人大批准中央预算（草案）后30日内，将部门预算批复归口管理科研项目的有关部门（单位）（“二下”）。
（七）归口管理科研项目的有关部门（单位）自财政部批复年度项目预算后15日内，将项目预算批复到研制单位。
第三十二条 实行招标投标管理的科研项目，其经费预算的确定按国家招投标的有关规定执行。
第三十三条 归口管理科研项目的有关部门（单位）和项目研制单位应当严格按照下达的项目经费预算和年度投资计划执行，原则上不得调整。确有必要调整时，按预算管理的有关规定执行。
第三十四条 科研项目的经费来源中，由中央财政安排的资金，按照国库集中支付管理的有关规定执行。经费使用中涉及依法应当实施政府采购的，按照国家政府采购的有关规定执行。
第五章 决算
第三十五条 科研经费实行决算报告制度。科研经费决算分为年度决算和项目决算。
第三十六条 科研经费的年度决算按财政部部门决算管理的有关规定执行。归口管理科研项目的有关部门（单位）上报年度部门决算时，投入超过5000万元的科研项目，应说明科研经费的使用、结余等情况。
