人民法院指定管理人后，行政清理组仍要保留一段时间，负责行政清理后续事宜，配合管理人做好后续工作。行政清理组在行政处置期间的费用，经证券监督管理机构核准的，可作为破产费用在破产财产中支付。破产期间，行政清理组配合破产清算的费用开支，从被处置证券公司破产费用中列支。行政清理组被撤销后，个别确需处理的后续问题，可商请证券监督管理机构协调解决。
（二）关于案件受理后有关诉讼、保全和执行问题
根据新
企业破产法的相关规定，人民法院受理证券公司破产申请后，有关证券公司财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。已经开始而尚未终结的有关证券公司的民事诉讼或者仲裁应当中止，在管理人接管证券公司的财产后，该诉讼或者仲裁继续进行。人民法院受理破产申请后，有关证券公司的民事诉讼，只能向受理破产申请的人民法院提起。对于其他人民法院采取的财产保全措施，应当由管理人向受理破产案件的人民法院提出申请，再由受理破产案件的人民法院向采取财产保全措施的人民法院发出解除保全措施的通知；采取财产保全措施的人民法院在接到受理破产案件人民法院的通知后，应当立即解除保全措施，已经扣押的财产应当向管理人移交。特别是在行政处置期间，人民法院冻结证券公司客户交易结算资金的，在破产案件受理后应当立即解除保全措施，以维护接收证券类资产的收购方和垫资方的利益，保证国家关于弥补客户交易结算资金政策的执行。
对于以证券公司客户为被申请执行人、证券公司为协助执行人的案件，应当区别不同情况分别处理。对于客户资产未被挪用，与证券公司和其他客户资产有明显区分，能够独立识别和处理的，证券公司作为协助执行人应当履行协助执行义务。对于客户资产已被证券公司挪用，或者与证券公司的自有资产混同，不能识别和处理的，由于被执行人的可供执行特定标的物实际上已不存在，相应转化为客户对证券公司的债权，如果要求证券公司将包括本公司财产在内的混同资产作为被执行标的物交付客户债权人，显然会损害证券公司全体债权人的利益。在此情况下，管理人应当将财产混同的情况向执行法院说明。证券公司进入破产程序后，被申请执行的客户已申报债权的，管理人应当以该客户获得分配的财产协助相关法院执行；如果客户未申报债权，申请执行人可作为客户债权人，根据代位求偿权的规定，凭生效的裁判文书向管理人申报债权。
（三）关于债权申报问题
证券公司在进入破产程序之前，行政清算组已经开展债权申报、登记、审核工作，为提高破产程序的效率、降低破产费用，减少再次申报给债权人带来的负担，行政清算组应将纳入破产程序的债权申报资料直接交付管理人。管理人应对申报材料进行审查，如申报材料符合法律规定，则通知相关债权人，其向行政清算组申报的债权已作为破产程序的债权申报；如申报材料不符合法律规定，管理人应当书面通知申报人补充申报材料。
对于已纳入国家收购的客户交易结算资金和个人债权，相关权利由人民银行、投资者保护基金和提供收购资金的地方政府等收购主体取得，在破产程序中应当由收购主体申报债权。个人债权人已经选择行政收购的，不能重新选择参与破产清算，被收购人无权再在破产程序中申报债权。对于不应纳入国家收购范围的权利申请，行政机关作出结论并告知相关权利人后，该权利人可以在破产程序中申报债权。
证券公司破产申请受理的条件之一就是对个人债权甄别确认完毕并且收购资金到位。这样要求主要就是防止因行政处置程序与破产程序衔接不当，而使相关权利人丧失申报的权利。新的
企业破产法虽然允许债权人补充申报，但是已经作出的分配，不再对补充申报人重新分配，这也将使债权人的权利受到损害。因此，在破产案件受理之前，明确相关权利是否应当由国家收购非常重要。进入破产程序后，对于行政清理期间未登记的个人债权，债权人向管理人申请登记并按国家政策收购的，管理人应告知其向保留的行政清理组申报，由有关机关按照国家规定进行甄别确认和收购。在甄别确认结论作出之前，管理人对该部分权利可能获得的分配财产予以提存。
