证券公司的财产中可能包括金融机构或国家对出资人资格有特殊要求的企业股权。
企业破产法规定，除债权人会议另有决议外，变价出售破产财产应当通过拍卖进行。对于上述企业的股权原则上也应当采取拍卖的方式进行，但根据
拍卖法的规定，竞买人应当具备可以作为上述企业股东的资格，这就需要相应的实施行政许可的部门事前进行审查。为避免司法程序和行政程序的冲突，具体操作时，可先行公告拍卖意向，要求竞买人提交关于其符合出资人法定条件的证明文件，送有关行政部门审核确定后，由符合条件、具备出资人资格的竞买人参与竞拍。如果竞买人出具的相关文件虚假或未披露其不具备相应资格的情况，致使行政部门最终未予办理行政许可的，竞买人需承担由此造成的损失。
（九）关于清偿顺序问题
证券公司破产时，妥善安置好职工仍然是维护社会稳定工作的重要内容。对职工工资等劳动债权的特殊保护，体现国家法律的人文关怀，通过对职工的基本劳动收入优先保护，保障职工的生存权利。人民法院在处理涉及职工权益的争议时，要严格按照
企业破产法和有关法规及国家政策，依法保护职工债权的实现。对于应纳入第一顺序的劳动债权，在甄别确认和债权人会议审查后，应尽快予以偿付。对属于工资构成的奖金应当依法予以支付。但是，与业绩挂钩的职工奖金，因证券公司经营管理不善出现破产原因，原则上不存在清偿问题。如果将这部分奖金也纳入优先受偿的范围将损害证券公司其他债权人的平等受偿权利。但这并不是说对这部分权利不纳入债权序列，对确实存在合理的与业绩挂钩的奖金可以作为普通债权予以确认。对证券公司被处置负有责任，并受过刑事处罚或取消从业资格、市场禁入以上行政处罚的公司管理人员主张与业绩挂钩奖金的，人民法院应不予支持。
关于人民银行、保护基金以及地方政府在破产程序中的债权是否应当优先受偿问题。国家对于证券公司破产时的个人债权和客户证券交易结算资金主要是通过收购等行政手段解决，而破产法并未规定此部分权利在破产程序中享有优先权利。如果没有人民银行、保护基金及地方政府对个人债权和客户证券交易结算资金的收购，这些权利在破产程序中也只能作为普通债权予以清偿。因此，不能因为收购主体收购了此类债权，而改变该债权在破产程序中的性质和清偿顺序，从而影响其他债权人的利益。收购主体因收购普通债权而产生的代位权利，在破产程序中的性质仍为普通债权。
未纳入国家收购范围的机构名义个人债权以及因证券公司挪用客户证券形成的侵权之债，由于
企业破产法并未给予清偿顺序上优先权，因此在破产程序中只能作为第三顺序进行清偿。管理人对这些债权人应当进行耐心细致的说明工作，必要时人民法院也可以对相关政策法律进行释明，同时与地方政府一道做好维护社会稳定的工作。
由于被风险处置的证券公司大多存在行政违法、违规，甚至触犯刑律的行为，有的被科以罚金或没收财产的行政处罚或刑事处罚。对于这类罚金或没收财产应列在什么清偿顺序，
企业破产法没有规定。《
中华人民共和国证券法》第
二百三十二条规定：“违反本法规定，应当承担民事赔偿责任和缴纳罚款、罚金，其财产不足以同时支付时，先承担民事赔偿责任。”
公司法也有类似的规定，据此，在证券公司破产时，行政处罚罚金应当劣后于普通债权后支付。《
中华人民共和国刑法》第
六十条规定：“没收财产以前犯罪分子所负的正当债务，需要以没收的财产偿还的，经债权人请求，应当偿还。”该条规定体现了刑罚不累及无辜的原则。在企业破产的情形下，其资产应全部用于清偿债务，如实施没收财产，事实上刑罚处罚的对象不再是犯罪主体，却使犯罪主体的债权人受到殃及，造成事实上的不公平。
刑法对罚金刑的执行虽没有类似的规定，但亦应参照上述规定执行。据此原则，在证券公司破产时，对证券公司的没收财产和罚金应当在债权人得到全部清偿后，才能实施。
