全国法院在审理涉港澳商事案件时，充分贯彻当事人意思自治原则，尊重当事人对争议解决方式、管辖法院及准据法的选择，正确处理管辖权冲突，准确适用准据法，树立了人民法院的良好形象。对当事人协议选择仲裁解决纠纷或者选择香港、澳门特别行政区法院管辖争议的，人民法院予以充分尊重，当事人在内地人民法院起诉的，人民法院不予受理。对于一方当事人就争议已经起诉到香港或者澳门特别行政区法院后，又就同一纠纷起诉到人民法院的，或者对方当事人就同一纠纷提起对抗性诉讼起诉到人民法院的，人民法院严格按照
民事诉讼法的有关规定处理。对于当事人在争议发生前后所选择的解决争议的准据法，只要有关选择不违背内地的社会公共利益，未规避内地法律的强制性或者禁止性规定，人民法院均予以适用。在法律查明方面，人民法院除要求各方当事人提供其选择的法律内容外，还依据职权积极查明相关法律，力求做到准确适用。
（四）加强审判管理，规范和改善司法活动
全国法院坚持“公正与效率”工作主题，遵循涉港澳商事审判工作规律，深化审判方式改革，加强案件质量管理，全面规范和改善涉港澳商事审判活动，取得了明显成效。
一是制定规则，规范管理。为了公正、高效地审理各类涉港澳商事案件，全国法院在不断总结审判工作经验的基础上，针对审判工作的各个环节、各个方面制定了许多规范性文件。如北京、上海、广东、广西、江苏、浙江、山东等高级人民法院结合本辖区实际情况有针对地制定了审判业务方面的相关规定，不仅建立和完善了涉港澳商事案件的审判规则，而且规范了法官的审判活动和其他司法行为，对不断提高涉港澳商事案件的审判水平和树立良好的司法形象起到了重要的作用。
二是增加透明度，以公开促公正。全国法院全面贯彻落实审判公开制度，不仅切实保障涉港澳商事案件当事人知悉审判工作信息的权利，而且全部实现公开开庭、公开举证质证、公开宣判、公开裁判文书。通过审判公开，进一步规范了司法行为，提高了司法水平，促进了司法公正。
三是深化改革，完善机制。全国法院大力推行庭前证据交换、证人到庭作证等制度，积极探索解决涉港澳商事审判工作中普遍存在的送达难、取证难、法律查明难等问题。一些法院还运用现代科技手段，以传真、电子邮件等方法送达诉讼文书，提高了诉讼文书的送达率，得到了当事人的好评。一些法院还针对涉港澳商事案件无法定审限的情况，建立了内部审限制度，防止人为积压案件，提高了工作效率。
四是开展优秀裁判文书评选和案件评查活动，确保审判质量。自2001年— 2006年，为推进司法文书改革，进一步提高涉外、涉港澳商事裁判文书质量，最高人民法院在全国范围内先后举办了四次涉外、涉港澳商事裁判文书评选活动，按照公开、公平、公正和宁缺毋滥的原则，经过层层遴选，评选出了一批优秀裁判文书，并对获奖个人和单位进行了表彰。2005年，根据最高人民法院的统一部署，全国法院从审理程序、事实认定、法律适用、实体处理、法律文书制作等方面，对2001年— 2004年审结的一审、二审涉港澳商事案件进行了全面的评查。一些高、中级人民法院在其辖区内还建立了经常性的案件评查制度，定期、不定期地评查涉港澳商事审判工作。通过优秀裁判文书评选和案件评查活动，激励了先进，同时发现了审判工作中的不足，鞭策了后进，审判人员的质量意识、精品意识进一步增强，涉港澳商事案件的审判质量有了大幅度的提高。
（五）平等协商，循序渐进，探索区际司法协助新模式
香港、
澳门特别行政区基本法规定，香港、澳门在回归祖国之后保持原有的社会制度不变，实行高度自治，享有行政管理权、立法权、独立的司法终审权，实行不同于内地的法律制度和司法制度。因此，在香港和澳门回归祖国之后，加上台湾地区，我国一国之内形成了四种不同的法律区域。由于香港、澳门和内地法院均具有独立的司法终审权，一地司法机关的司法行为不能当然地在另一地发生法律效力，因此，诉讼文书送达、调查取证、仲裁裁决和法院判决的执行等，必须通过区际司法协助的方式才能实现。
但是，区际司法协助问题是“一国两制”方针下面临的崭新的历史性课题，并无先例可循。能否妥善解决内地与香港、澳门特别行政区之间的司法协助问题，直接关系到“一国两制”方针在司法领域的贯彻落实，关系到内地与香港、澳门特别行政区的社会稳定和经贸发展。多年来，最高人民法院与香港、澳门特别行政区政府经过认真研究、积极探索和平等协商，逐步建立并确立了“一国两制”方针下区际司法协助的新模式。按照这一模式，对特定的司法协助事项，先由内地分别与香港、澳门特别行政区政府签署有关“安排”，再分别由内地最高人民法院发布司法解释、香港或者澳门特别行政区立法机关制定法律予以落实。迄今为止，根据这一模式，内地已经与香港特别行政区政府签署了《
关于内地与香港特别行政区法院相互委托送达民商事司法文书的安排》、《关于内地与香港特别行政区法院相互执行仲裁裁决的安排》以及《关于内地与香港特别行政区法院相互承认和执行当事人协议管辖的民商事案件判决的安排》；与澳门特别行政区政府签署了《
关于内地与澳门特别行政区法院就民商事案件相互委托送达司法文书和调取证据的安排》、《关于内地与澳门特别行政区法院相互认可和执行民商事判决的安排》以及《关于内地与澳门特别行政区法院相互认可和执行仲裁裁决的安排》。可见，内地与香港特别行政区之间的民事司法协助发展速度较快；内地与澳门特别行政区之间的民事司法协助已全部完成法律制度的设计。用签署安排并分别制定法律和司法解释的方式解决内地与香港、澳门特别行政区之间的区际司法协助问题，明显不同于外国联邦制国家州与州之问的司法协助模式，有其自身的特点、优势和强大的生命力，能够形成良性互动的工作格局。这种新模式，是内地与香港、澳门特别行政区法律专家、法律实务工作者的一大创造，标志着内地与香港、澳门特别行政区之间民事司法协助进入了规范化的运行轨道。实践证明，上述一系列安排贯彻了“一国两制”方针，符合三地区际司法协助的客观需求，实施情况良好。随着内地与香港、澳门特别行政区相关部门的继续磋商和努力，三地区际司法协助与合作的领域将进一步扩大，三地区际司法协助与合作的成果也将越来越丰硕。
