水专项办组织重点流域技术组对重点流域项目（课题）进行监督检查、评估和验收，组织总体专家组和重点流域技术组编制重点流域年度执行情况报告和阶段总结报告，提出流域内项目（课题）调整的建议，经牵头组织单位审核后，报水专项领导小组审定和批准。
第三十一条 项目（课题）调整或撤销。水专项项目（课题）一经批准并与相关责任方签订任务合同书后，必须严格按照任务合同书的要求执行，原则上不作调整或撤销。对出现下列情况，确需调整或撤销的，应执行相关的调整或撤销程序。
（一）根据检查或评估结果，项目（课题）承担单位未严格履行任务合同书的要求，项目（课题）执行存在重大问题时，由水专项总体专家组和主题专家组向水专项办提出项目（课题）调整或撤销的建议，并视情况全部或部分追回下拨经费，经牵头组织单位审核并提出书面意见，由水专项领导小组审批，报三部门备案。
（二）由于不可抗拒的客观原因需要调整或撤销的项目（课题），由水专项总体专家组、主题专家组或项目（课题）承担单位向水专项办提出调整或撤销建议，并详细说明调整或撤销的理由，经牵头组织单位审核并提出书面意见，由水专项领导小组审批，报三部门备案。
（三）对于保密项目（课题），调整或撤销按照保密要求进行。
第五章 资金管理
第三十二条 水专项经费来源于中央财政投入、地方财政投入以及企业、金融机构和社会资金投入。中央财政投入主要用于水专项实施过程中市场机制不能有效配置资源的基础性和公益性研究，以及企业竞争前的共性技术和重大关键技术研究开发等，地方财政投入和企业等资金投入主要用于技术的工程示范、产业化及相关研究。中央财政、地方财政和社会资金应统筹安排、使用和管理。
第三十三条 牵头组织单位根据财政部核定的分阶段概算和年度预算控制数按照部门预算管理的有关要求组织编制年度预算建议，水专项领导小组审核后，报财政部，抄送科技部和发展改革委。
第三十四条 财政部正式批复牵头组织单位水专项年度预算，由牵头组织单位按照财政资金支付管理的有关规定向项目（课题）承担单位拨付经费。
第三十五条 统筹使用各方面的资金投入，提高资金使用效益。省级协调领导小组、示范项目（课题）所在地方政府应确保配套资金及时、足额到位。来源于中央和地方财政的专项经费，严格执行国家预算管理和财政资金管理的有关规定；其他来源资金，按照“谁出资、谁监管”的原则和相应的管理规定进行管理。重大专项资金要严格按照国家有关规定，单独核算、专款专用。
第三十六条 水专项办委托中介机构对项目（课题）经费的使用和管理情况进行专门的财务检查。水专项财务检查和评估的结果，将作为调整项目（课题）预算安排、按进度核拨经费的依据。
