专项经费中差旅费的开支标准应当按照国家有关规定执行；会议费的开支应当按照国家有关规定执行，严格控制会议规模、会议数量、会议开支标准和会期。
专项经费中咨询费的开支标准为：以会议形式组织的咨询，专家咨询费的开支一般参照高级专业技术职称人员500-800元/人天、其他专业技术一般人员300-500元/人天的标准执行。会期超过两天的，第三天及以后的咨询费标准参照高级专业技术职称人员300-400元/人天、其他专业技术人员200-300元/人天执行。以通讯形式组织的专家咨询，专家咨询费的开支一般参照高级专业技术职称人员60-100元/人次、其他专业技术一般人员40-80元/人次的标准执行。
专项经费不得开支有工资性收入的人员工资、奖金、津补贴和福利支出，不得开支罚款、捐赠、赞助、投资等，严禁以任何方式牟取私利。
依托单位不得以任何名义从专项经费中提取管理费。
第三章 预算管理
第六条 科技部根据重点实验室总规划，批准重点实验室的建立、调整和撤销，定期组织重点实验室评估，将评估结果送财政部。
第七条 开放运行费和基本科研业务费预算实行分类分档管理，下达程序包括：
（一）科技部根据重点实验室定期评估结果，结合年度考核情况、学科领域特点、规模等，提出重点实验室档次划分建议，送财政部。
（二）财政部会同科技部根据分档情况，结合财力可能，确定分类分档支持标准。
（三）财政部按照分类分档情况和支持标准，按照相应预算渠道下达开放运行费和基本科研业务费预算，并抄送科技部。
第八条 科研仪器设备经费预算申报和下达程序：
（一）每一年重点实验室评估结束后，当年参加评估（不含建设期）的重点实验室编制科研仪器设备工作方案（含经费预算）。工作方案编报年限一般为三年。重点实验室应当按照研究方向和发展目标，结合基础条件和人员队伍现状等，以形成各具特色的研究实验体系为目标，根据实际需求和预计可以完成的工作量，区分轻重缓急，科学合理、实事求是地进行编制。
（二）科研仪器设备工作方案由依托单位出具审核意见并汇总后报主管部门或按相应预算渠道报相关地方财政部门，主管部门或相关地方财政部门商科技行政主管部门出具审核意见并汇总后报送财政部，同时抄送科技部。
