第二阶段审核应在具备实施认证审核的条件下进行，第一阶段审核提出的影响实施第二阶段审核的问题应在第二阶段审核前得到解决。
第二阶段审核应在受审核方的现场进行，应重点关注但不限于以下方面内容：
（1）与《
中华人民共和国食品安全法》、《
中华人民共和国乳品质量安全监督管理条例》等适用法律、法规及标准的符合性；
（2） HACCP体系实施的有效性，包括HACCP计划与前提计划的实施，对产品安全危害的控制能力；
（3）生鲜乳、其它原辅料、直接接触乳制品的包装材料食品安全危害的识别和控制的有效性；食品添加剂、冷藏、清洗消毒控制的有效性；
（4）受审核方对生鲜乳、原料乳粉等原辅料的供方制定和实施的控制措施严格程度及有效性，确认受审核方是否真正具备保证食品安全达到可接受水平的能力；
（5）产品可追溯性体系的建立及不合格产品的召回；
（6）食品安全验证活动安排的有效性及食品安全状况。
对于第一阶段审核的HACCP体系的部分，如果审核完整、有效，符合要求，并确保HACCP体系已审核的部分持续符合认证要求，第二阶段可以不对其再次审核。第二阶段的审核报告应包含第一阶段审核中的审核发现，并且应清楚地表述第一阶段审核已经确立的符合性。
第一阶段和第二阶段审核的间隔应不超过6个月。如果超过6个月，应重新实施第一阶段审核。
5.3.3审核时间
认证机构应制定确定审核时间的程序文件。认证机构应根据受审核方的规模、审核范围、生产过程和产品的安全风险程度等因素，策划审核时间，确保审核的充分性和有效性。审核时间不应低于附件1要求。
5.4审核的策划和实施
5.4.1组成审核组。审核组应具备实施乳品企业相应类别产品HACCP认证审核的能力。审核组中至少有一名相应类别产品专业审核员。同一审核员不能连续两次在同一生产现场审核时担任审核组组长，不能连续三次对同一生产现场实施认证审核。第一、二阶段审核组组长宜为同一人，第二阶段审核组中至少应包含一名第一阶段审核员。初次认证审核组至少由二名审核员组成。
5.4.2审核通知应于现场审核前告知受审核方。认证机构应向受审核方提供审核组每位成员的姓名。并在受审核方请求时使其能够了解每位成员的背景情况。受审核方对审核组的组成提出异议且合理时，认证机构应调整审核组。
5.4.3审核组长应提前与受审核方就审核事宜进行沟通，商定审核日期。审核组长应为每次审核编制审核计划，并经认证机构批准。
