第十三条 课题申报单位根据项目目标和年度申报指南要求，按期提交课题可行性研究报告。专项办公室将课题论证结果汇总后报送中国地质调查局，中国地质调查局根据专家论证意见提出课题承担单位和课题负责人建议，报专项领导小组审定。
第十四条 专项办公室按照专家论证意见，会同项目承担单位组织课题承担单位编制课题任务书（含预算书）。经专项负责人审查，由专项办公室统一报中国地质调查局审查后，报国土资源部。国土资源部审定后，与课题承担单位签署课题任务书。
第十五条 积极开展国际合作与部省合作，鼓励以国家投入为主带动多方资金投入的关联行动，吸引地方政府、国有企业等投入资金，联合开展相关的探测研究活动，扩大专项研究成果。
第十六条 批量地球物理数据采集及重要钻探等山地工程施工，由专项办公室组织，会同项目负责单位和课题承担单位，按照国家有关规定，通过择优委托或招标方式确定具有相关资质的施工单位承担。
第十七条 专项实行重大事项报告、审批制度。项目或课题在实施过程中，因客观原因，需对项目、课题原定目标及技术路线进行调整的，或项目、课题负责人变更调整，或工程部署和资金重大调整的，其承担单位必须按程序经中国地质调查局及时向专项领导小组办公室报告，经批准后方可执行。未经批准擅自调整的，视为未完成任务，不予验收。
第十八条 项目或课题申请调整，须征得专项项目负责人及项目负责人的书面同意，由项目承担单位经中国地质调查局向专项领导小组办公室提出书面申请，经专家委员会提出咨询意见后，由国土资源部审理批复。涉及对资金预算进行调整的，还需报财政部审定。
第十九条 专项实行年度报告和交流制度。课题承担单位按要求编制年度计划执行情况报告及有关信息报表，由项目承担单位汇总后于每年12月15日前上报专项办公室。专项办公室应于每年1月底前将上年度专项实施和经费执行情况报国土资源部，同时抄送给中国地质调查局。专项每年2月底前召开专项年度总结会，交流各项目、课题进展，研究确定下一年度工作部署。
