第七条 农村环境综合整治项目由县级人民政府申报，经市级环保和财政部门审核（已实行省直管县的除外，下同），由省级环保和财政部门审查汇总，联合报送环境保护部和财政部。申报材料主要包括资金申请报告、项目申报方案以及相关证明材料等。
项目申报方案内容包括：村庄基本情况，存在的突出环境问题，治理方案（预期实现目标、拟采取的主要措施、进度安排、效益分析）、资金需求和筹措方案、项目实施后运行保障措施等。
第八条 各地环保部门应结合当地特点，选取农村环保适用技术指导项目申报，保障农村环境综合整治效果。
第九条 省、市级环保和财政部门对县级人民政府申报的项目按照以下原则进行审查：
（一）符合中央财政资金年度支持重点。申报的项目应与农村环境综合整治项目年度申报通知所支持重点保持一致。
（二）符合规划要求。各地应在全国农村环境综合整治规划范围内，统筹安排项目，逐年申请，分阶段实施。
（三）位于污染防治重点流域、区域。各地应根据农村环境综合整治项目支持的重点流域、区域范围，结合本地农村环保实际，针对各类问题区域分布特征，选取重点地区优先开展治理。
（四）项目实施条件成熟、资金筹措方案可行。申报的项目应根据当地经济发展水平、自然生态环境条件、污染现状、环境综合整治实际需要和投资可能，合理确定治理技术和规模，做到经济上合理、技术上可行，杜绝重复投资和形象工程。
第十条 环境保护部会同财政部对各地报送的项目组织审查，确定支持项目清单。
第三章 项目组织实施
第十一条 农村环境综合整治项目实行报备制度。省级财政下达资金预算后的20个工作日内，县级人民政府应组织完成项目实施方案的修改完善工作，经市级环保、财政部门审批后，报省级环保、财政部门备案。
第十二条 农村环境综合整治项目内容一经审查批准，原则上不得调整，不得降低治理目标要求、压缩投资规模等。如确需调整的，须报省级环保和财政部门批准同意后方可执行。省级环保和财政部门要将有关调整情况随同年度项目执行情况报告报环境保护部和财政部备案。
第四章 考核验收和监督检查
第十三条 省级环保部门会同财政部门应加强项目的考核验收工作，考核验收办法应结合各地情况自行制定，报环境保护部、财政部备案。
