原则上由同级卫生行政部门确定省市级新农合定点医疗机构，并建立严格的准入与退出机制，进行动态监管，对年度考核不合格的，应及时取消其定点资格。统筹地区新农合经办机构应结合病人就医流向、疾病分布等因素，在省市级新农合定点医疗机构中确定开展即时结报的医疗机构，签订即时结报工作服务协议，明确双方的权利、义务和责任等，并向社会公布名单。即时结报工作服务协议可由上级卫生行政部门统一组织本辖区内新农合经办机构与省市级新农合定点医疗机构分别签订，有条件的地区也可由上级卫生行政部门代表本辖区内新农合经办机构与省市级新农合定点医疗机构统一签订，在辖区内通行。
四、定点医疗机构要做好即时结报服务工作
省市级新农合定点医疗机构应建立健全即时结报相关工作制度，规范相应工作程序，指定科室或专人管理、经办具体业务，应安排不少于2名专职工作人员（财务和医务人员），并配备计算机、复印机等办公设施。定点医疗机构在办理出院手续窗口附近应设立有明显标识的即时结报窗口，内部局域网应设置省级统一的新农合基本用药目录、诊疗项目等标识，工作人员要严格核实参合患者身份，主动提醒参合患者带齐即时结报所需材料，免费提供住院费用清单等材料。定点医疗机构要对职工进行新农合政策培训，并利用宣传栏、电子屏、宣传单、院报等宣传新农合即时结报政策、补偿程序和所需材料等。要实行服务承诺、医疗收费、药品价格“三公开”，并适当降低参合患者预交金的数额，严格入出院标准，做到合理检查、合理用药、合理治疗、合理收费。专职工作人员要加强与各统筹地区新农合经办机构的信息沟通，要设置举报投诉电话和信箱，主动接受监督。
五、建立及时结算拨付机制
统筹地区新农合经办机构与新农合定点医疗机构签订的服务协议中应明确定点医疗机构垫付款的结算拨付程序和时间规定，保证垫付款及时结算拨付。一般应在一个月内结付新农合定点医疗机构垫付款，定点医疗机构可定期将上月住院参合农民补偿材料直接寄送新农合经办机构，经办机构实行先结付后审核的办法。经办机构在后期审核中，发现不符合新农合政策的补偿内容，应主动与定点医疗机构沟通，按服务协议在下期回付款中予以扣除。定点医疗机构与新农合经办机构在即时结报工作中发生争议，双方协商难以达成一致意见时，由负责确定定点医疗机构资格的卫生行政部门根据核实的情况或专家会审意见裁定。
六、建立简便、规范的转诊制度
