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（1）海洋生态系统演化与海洋资源可持续利用
重点开展陆架边缘海生源要素转换对生态系统的影响，海洋生物地球化学循环与食物网的相互作用及其海洋生物资源变化规律，海洋生态系统关键过程，海洋生物对海洋环境变异的响应，生物过程与物理过程的相互作用，以及人类活动对我国近海海洋生物资源可持续利用的影响等。
（2）中国近海及邻近海域物理海洋关键过程及安全环境
重点开展渤、黄、东海陆架浅海环流系统及渔场变异和污染控制机理，南海深海盆环流系统及其与季风气候的相互作用，黑潮的起源、流径和变异及其与中国海的相互作用，中尺度涡、重点海域海洋内波成因及其变化规律研究，发展浪-潮-流海洋耦合数值模式。
（3）海-陆-气相互作用及其对东亚气候的影响
重点开展太平洋-东印度洋（暖池海域）在多时间尺度气候变异中的作用、太平洋边界流系统演化及其对东亚和我国气候变化的影响、海陆相互作用、大洋环流形成变异及年际、年代际气候变化规律研究，发展气候预测数值模式。
（4）地球动力学与海底资源
重点开展盆地分析与动力学模拟、沟-弧-盆系统地壳结构及板块俯冲与弧后扩张系统形成、边缘海动力学机制与海底矿产资源形成等研究；深海底石油、天然气、天然气水合物、多金属矿床在时间和空间上的分布规律以及成矿（藏）作用背景、成矿（藏）物质来源、成矿（藏）动力学过程和机理、成矿系统结构和海陆成矿作用对比等研究。
（5）海岸带环境变异与沿海可持续发展
重点开展我国典型岸段海面上升和地面沉降的人为影响及其趋势预测，我国海岸带过程及其对全球气候变化的响应，海岸带开发活动对沿岸人类生存环境的影响，海岸人工化及其海陆过程的响应，海岸带资源环境及其可持续利用等方面的研究。
（6）海洋污染与海洋灾害机理及预测
重点开展我国近海典型区域环境污染机理和环境质量变化趋势，风暴潮、海啸、海冰、海浪、赤潮、外来生物、海岸侵蚀和海水入侵等灾害的成灾机理、预测及其防治方法等研究。
（7）深部生物圈与深海极端环境生物
主要开展海底深部生物圈环境边界条件，深部生物圈环境与极端环境生物的相互依赖关系，深部生物圈微生物的代谢过程及生物地球化学效应，深部生物圈营养供给模式、生存方式的分子细胞学机制，深海极端环境生物群落的组成与更替机理，深海极端生物基因组学与基因资源开发利用理论与方法等方面的研究。
（8）大洋中脊的演化过程
主要开展超慢速扩张脊研究，包括岩石圈与地幔软流圈相互作用、岩浆起源和地幔组成、水圈与岩石圈相互作用的研究；洋中脊-地幔热点相互作用研究，包括扩张中心与热点相互作用的地幔动力学，该作用对洋壳构造的影响以及对洋中脊热能、热液和岩浆活动的影响研究；洋中脊的热液活动和成矿作用研究等。
（9）北极海洋和冰雪环境变化及其对全球气候的影响
重点开展太平洋入流变化特征及其对北冰洋海洋热结构和海冰的影响机理，入海径流和海冰淡水输运对海冰变化的影响，海洋和海冰快速变化对气候增暖的激励作用，以及对全球气候变化的影响研究等。
（10）环境变化的海洋记录
重点研究边缘海沉积记录与气候环境演化的海陆对比、极端气候的海洋记录，地球环境变化的内部驱动机制，快速气候变化的海洋记录和超高分辨率（次年度至百年时间尺度）的海洋记录，热带海洋对气候的驱动作用和西北太平洋中高纬度边缘海的环境演化记录等。
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