但是，我国地方病防治工作距实现消除地方病危害目标仍有较大差距，西藏、青海和新疆3省（区）仍处于基本消除碘缺乏病的阶段，水源性高碘病区和地区尚未全面落实防治措施，西部地区局部仍有地方性克汀病新发病例，尚有部分地方性氟中毒病区未完成改水，局部地区的大骨节病病情尚未完全控制。更为重要的是，地方病是生物地球化学因素或不利于健康的行为生活方式所致，在已落实综合防治措施的病区，只有建立长效防治机制，才能持续巩固防治成果，避免病情反弹。
二、指导思想、基本原则和防治目标
（一）指导思想。
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，结合深化医药卫生体制改革，全面落实各项地方病防治措施，建立健全长效防控机制，进一步巩固现有防治成果，基本消除重点地方病的危害，保障人民群众身体健康，促进病区社会和经济的协调发展。
（二）基本原则。
1.政府领导、齐抓共管。进一步强化政府领导，落实部门责任，鼓励社会力量积极参与，共同落实各项防治措施。
2.突出重点、全面推进。从实现消除地方病的战略高度出发，在已经取得防治成果基础上，采取有针对性的策略和综合防治措施，着力解决防治工作难点问题，全面推进防治工作。
3.因地制宜、科学防治。根据地方病流行特点和防治现状，针对不同地区、不同病种，科学制定相关技术措施，确保防治工作取得实效。
4.预防为主、防管并重。加强病区群众生产生活环境改造，广泛深入开展健康教育，减少并努力消除各种致病因素。加强防治措施的后期管理，建立健全长效防控机制，巩固防治成果，推动防治工作扎实有效、深入持久地开展。
（三）防治目标。
1.总体目标。建立与我国经济社会发展相适应的地方病防治长效工作机制，全面落实防治措施，基本消除重点地方病危害。
2.具体目标。
（1）持续消除碘缺乏危害。海南、西藏、青海和新疆4省（区）90%以上的县（市、区）达到消除碘缺乏病目标，其他省（区、市）95%以上的县（市、区）保持消除碘缺乏病状态。有效防止地方性克汀病新发病例。人群碘营养水平总体保持适宜状态。
（2）基本消除燃煤污染型地方性氟中毒和砷中毒的危害。在燃煤污染型地方性氟中毒病区，95%以上的家庭落实以改炉改灶为主的综合防治措施。强化燃煤污染型地方性氟中毒、砷中毒防治工作的后期管理，使病区改炉改灶家庭炉灶完好率和正确使用率均达到95%以上。
