（三）行业环保科研体系建设
行业环保科研主要分为环保基础理论、政策法规、标准规范、应用技术等方面研究，分别涉及污染治理、生态保护和建设、资源循环利用、应对气候变化、节能减排、污染应急处置等领域。“十二五”期，将系统研究分析行业环保科研需求，并针对公路水路交通环保科研存在的主要问题，开展交通运输行业环保科研体系建设，主要包括：
行业环保基础理论与关键技术研究：启动应对气候变化和低碳交通体系的理论方法和政策法规研究，重点开展资源循环利用、节能减排、生态保护、新能源利用等领域的应用基础研究和关键技术研究。
行业环保科研条件建设：进一步支持相关科研院所提升交通运输环保科研的硬件条件，重点资助环境政策和管理、环境空间信息、低碳交通、资源循环利用、生态基础研究等领域的实验室建设。
行业环保科研人才培养：以环保科研课题为依托，以环保实验室为基地，推进科研人才培养，在资源循环利用、节能减排、生态建设和修复、新能源利用等领域造就一批专业水平高、创新能力强的人才队伍。
（四）行业低碳技术应用和推广
建设以低碳排放为特征的交通运输体系将成为“十二五”期行业发展的主要方向之一。交通运输行业既要通过节约能源、利用清洁能源等手段实现直接减排，又要进一步优化运输组织、建设智能交通、发展现代物流，提高运输效率，间接降低能源消耗，减少碳排放。
“十二五”期，通过政策引导与资金补贴，积极推广低碳理念与技术，重点在公交车新能源改造、公路服务设施升级改造、港口节能改造、公路隧道清洁能源利用、公路温拌沥青技术等方面开展试点和推广[2]。
（五）公路生态保护和污染治理
公路建设和运营期产生的生态环境问题受到广泛关注，减缓公路建设生态影响的主要手段包括湿地保护和连通、生境恢复、景观绿化、水土流失防治、动物通道设置等，而减少污染排放则主要包括对建设和运营过程中产生的污水、噪声、粉尘、固体废弃物等污染物进行处理。
“十二五”期间重点建设内容包括：
生态型公路工程推广：选择中、西部地区典型路段，结合西部开发的省际通道项目，开展生态型公路建设推广工程。建设内容主要包括公路水土流失防治、临时用地生态恢复、动物通道设置、湿地保护和连通、生态排水沟等内容。
公路生态修复试点：结合国道改造工程，针对不同区域的已建公路开展生态修复试点工程。选择穿越或靠近自然保护区公路开展公路两侧生境连通性改造试点工程；在西南和中部山区选择公路实施景观升级改造和水土流失治理试点工程；在“三江源”区域、长江中下游区域和东北区域选择穿越或靠近湿地的公路实施湿地水系连通及生态恢复试点工程。
施工期公路污染治理：重点选择国道改造的施工路段，针对路基、桥涵、隧道、路面等施工过程产生的污水、噪声、粉尘和固体废弃物进一步开展治理。
公路服务区污染治理：进一步开展高速公路服务区污水及垃圾治理；重点推广生态型污水处理技术，选择中西部省（市）的高速公路服务区建设污水生态处理示范工程。
营运期公路噪声治理：对营运期跟踪监测超标的高速公路路段，采取声屏障、隔声窗等措施，逐步开展噪声治理；重点推广公路生态型声屏障技术，选择穿越噪声敏感区域的在建公路实施生态型声屏障建设试点工程。
（六）水路生态保护和污染治理
港口环境问题主要包括建设和运营期产生的生态影响和环境污染。建设过程中主要采取生态护岸、生态移植、植被恢复、增殖放流、人工渔礁等手段来减缓生态影响，同时应逐步重视施工期污染治理；运营过程中重点开展港区污水、噪声、散货粉尘、船舶油污水、船舶生活污水和垃圾等方面的治理，减少污染排放。
