围绕发展资源节约型、环境友好型现代农业目标，部署农林生态环境保护与调控、农林重大灾害防控、农林业应对气候变化三个重大专题。
1、农林生态环境保护与调控
--开展农林生态过程与调控、农林物质循环高效利用、森林湿地等陆地生态系统过程与服务功能、森林可持续经营的生态学机制等基础研究。
--开展重金属和持久性有机物等农业重要污染物溯源、污染农田修复、养分资源高效利用与管理、区域植被修复过程耦合与调控等研究，开发新型高效农用制剂和产品。
--开展循环农业、农田修复与土地整治、林业生态、农田水土保持、农业面源污染防控、荒漠化综合治理、湿地恢复与保护、重金属超标农田安全利用、保护性耕作、城郊环保型高效农业、农林农牧复合生态系统构建与保护等研究。
2、农林重大灾害防控
--开展主要农作物和森林重大病虫害暴发成灾规律与防控机制、外来生物入侵途径及其机制等研究。加强主要干旱、低温、火灾等农林业重大气象灾害的致灾成灾机理研究。
--开展农林重大病虫害防控关键技术、干旱低温等农业气象灾害监测与防控技术研究，研发相应的设备和制剂。
--开展农林重大入侵物种的检测监测和防控技术，农林重大病虫害监测预警与防控技术，重大农林气象灾害防控、监测预警与风险评价技术等研究，加强农作物重大生物灾害综合治理，灾害应急设备与技术等研发与示范。
3、农林业应对气候变化
--开展气候变化、极端天气气候事件和气象灾害对我国农林业生产的影响机理与过程，气候变化对农林业影响评估、预测方法及农林生态系统适应机制等基础研究。
--开展农林生态系统生物固碳、土壤及生物质利用储碳潜力的评估与挖掘，农业耕作管理、施肥及灌溉等措施对温室气体排放控制、基于水碳协同的植被恢复等前沿技术研究。
--开展农林生态系统固碳减排、农田温室气体源/汇功能调节、造林再造林和森林管理的固碳监测与评估、高碳储量森林结构优化、碳汇林定向培育研究与示范。
（八）城镇化发展与农村民生
围绕城镇化发展和改善农村民生的目标，部署城镇化发展与规划、村镇宜居社区与住宅、农村居民健康与安全等三个重大专题。组织实施城镇化与村镇建设科技重点专项。
1、城镇化发展与规划
--开展城镇化进程中资源与生态环境响应机理、土地资源开发利用格局的基础研究。
--开展城镇化发展评价与动态监测技术、城镇化空间布局与村镇规划技术等研究开发。
--开展绿色低碳重点城镇规划建设与实施评价、特色村镇建设与认定、村镇特色景观要素评价等技术研究。
--开展集中连片特困地区城镇化规划方法研究及规划实施评估和督导技术方法研究。
--开展村镇污水、生活垃圾处理等环境整治技术研究，实施村镇环境综合整治科技示范工程。加强村镇防灾减灾、历史文化村镇保护与再生技术研究，强化高精度快速土地调查监测装备研制、建设用地整治与二次开发技术，以及多层级、全覆盖网络化土地监管技术开发。
2、村镇宜居社区与住宅
--开展村镇住宅居住环境低碳化关键技术、村镇生活污水处理关键技术与设备研发，村镇社区规划设计新技术、节能环保新材料等研发。
--加强村镇健康住宅关键技术研发与应用；加强村镇住宅抗震减灾、农村危旧房改造技术研究与示范、建筑节能与新能源开发利用等技术研究，强化保温、隔热、环保型村镇建筑材料研发。
3、农村居民健康与安全
--开展农村饮用水安全保障关键技术和集成技术研究，地震、泥石流、雷电等主要自然灾害防御和救助等技术集成与示范。
--开展农村营养平衡与健康、农村地方性传染病、农村公共卫生与基本医疗保健的关键技术研究与集成示范。
四、农村科技服务与基层科技
（一）推进科技特派员农村科技创业行动
深入开展科技特派员农村科技创业行动，集成转化和应用一批先进科技成果，培育和壮大区域优势特色产业。加强科技特派员培训基地建设，进一步壮大科技特派员队伍。积极营造有利于农村科技创业的良好环境，加大对科技特派员下乡创业的信贷支持，鼓励和引导科技特派员带领农民创办、领办、协办科技型企业、科技服务实体与合作组织，深入产业链各环节开展创业和服务，提高产业科技发展水平和农民的组织化程度。
