4．专项资金分配方法不够科学，预算管理方式陈旧。目前，我部已经采用因素法或公式法分配的专项资金有扶贫资金、农业税灾情减免补助资金等；采用比较规范的项目管理的专项资金有粮食自给工程、跨越计划、农业行业标准、“天保工程”、“退耕还林”等专项资金，其中跨越计划资金引入了公开招标、专家评议决策等新机制。但也还有不少专项资金沿用传统的管理方式，如项目可行性论证报告不规范，责任不清；资金分配的标准或依据不具体，科学性不够；对项目资金使用监督不力，效果不佳；项目资产管理跟不上，家底不明等。这不利于科学合理、客观公正地分配管理专项资金。
5．专项资金结构不合理，难以适应农业农村发展和财政改革的新情况。当前，农业农村发展中的主要问题是农民增收难、农产品加工销售难、剩余劳动力转移难、基础设施建设难，现有专项资金难以解决这些新的问题。现有农业专项资金要求地方配套的17项，既加重了地方财政负担，也难以落实。现有农业贴息资金13项，贴息率和贴息办法各不相同，有的贴息率已远高于现行银行利率，管理不规范，这都与财政金融的实际情况不符。
二、财政农业专项资金调整和改革方案
1．调整和改革农业专项资金的原则。第一，稳定和增加投入的原则。从发达国家的经验来看，农业属于弱质产业，是公共财政支持的重点。因此，调整和改革农业专项资金不是减少财政对农业的投入，而是根据农业农村发展的新情况，稳定和增加财政对农业的投入，不断巩固和增强农业的基础地位。第二，分类处理的原则。要对现有专项资金进行清理，区分不同情况进行“并、转、停、增”。即：将用途基本相同的小专项资金归并设立为较大的分类专项资金，调整或转变部分专项资金的用途，使之更符合新的情况，停止已到期且完全不符合当前实际需要的专项资金，根据实际需要设立一些新的专项资金。第三，规范管理的原则。在专项资金分配中，引进推广项目预算等新的项目管理方法，引进推广专家和中介机构参与项目决策的新机制，提高资金分配管理的科学性、公正性。第四，突出重点的原则。适应我国农业农村发展、加入WTO以及建立公共财政的新情况，今后财政应重点支持农业农村基础设施建设、生态保护、科技进步、灾害救助、农村扶贫等。第五，分步实施的原则。由于各专项资金设立使用有不同的背景和期限，因此调整和改革专项资金要分步实施，确保各项工作有序进行。
2．第一步方案：今年要对有条件的专项资金合并使用，年底以前改革完毕，明年全面实施。总的来说，今年要将45个专项资金调整归并为16个，取消9项贷款贴息，停止执行14项要求地方配套资金的规定。具体方案如下：
