要按照流域综合规划修编的基本要求，由以往流域综合规划以重大工程论证、流域治理开发为主，转向以水资源的可持续利用、加强保护、严格管理为主，更加注重协调好人与自然的关系、人与河流的关系，协调好经济社会发展与水资源和水环境承载能力之间的关系，协调好各地区、各行业和各部门在流域治理、开发、保护和管理中的关系，使流域综合规划成为政府实施流域综合管理和水资源统一管理、履行社会管理和公共服务职责的重要依据。
三、加强组织领导，科学有序地开展规划修编工作。各流域机构和各省（自治区、直辖市）水行政主管部门要结合本流域和地方实际，按照《工作意见》要求，抓紧成立组织与协调机构，落实行政和技术负责人，及时全面启动流域综合规划修编工作，并对规划内容、工作重点、成果质量和完成时间等作出明确安排。要强化流域综合规划修编工作的全过程监督管理，尽快制定详细的年度工作计划和阶段工作目标，定期对流域综合规划修编工作进行监督检查，并向部流域综合规划修编工作领导小组办公室报告进展情况，确保各阶段工作的完成，保证规划进度。
规划修编过程中，要针对流域经济社会发展的需要、水资源开发利用条件的变化，以及生态与环境保护的要求，认真梳理流域存在的主要问题，有针对性地研究流域治理、开发和保护中急需解决，并且经过努力能够解决的重大问题和政策措施。要充分利用已有的成果，在对现有流域综合规划进行总结、评估的基础上，继承创新，并充分利用已编制完成和正在开展的相关规划、基础调查和最新科研成果，防止一切从头来的做法。要开放式进行规划，注重发挥专家作用，扩大公众参与程度，有关专题研究尽可能通过招标方式选定具有优势的承担单位，充分发挥社会各方面的积极性。要加强与有关地方和部门的沟通，做好流域综合规划与相关行业规划、区域规划的衔接和协调。要切实加强规划队伍建设，加大技术指导和业务培训力度，充分利用先进技术，积极采用新技术、新方法和新手段用于流域综合规划修编工作，提高规划修编的质量和效率。要加强规划资金和成果管理，加强对资金使用的监督和检查，使资金投入与规划任务和规划成果相一致，新增工作内容和专题研究要及时报部审核，每年6月30日和12月30日将规划工作经费使用情况、相关的工作内容及成果情况报部流域综合规划修编工作领导小组办公室。
流域综合规划修编是一项庞大、复杂的系统工程，时间紧、任务重。各流域机构和各省（自治区、直辖市）水行政主管部门要高度重视，加强领导，密切配合，保证流域综合规划修编工作按时保质完成。各流域机构和各省（自治区、直辖市）水利（水务）厅（局）于2007年7月25日前，将流域综合规划修编工作的领导小组成员、技术负责人和联系人的名单及联系方式报部。
