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中期目标与任务（2011－2015年）：进一步加强各级管理部门的能力建设，实现指挥、查询、统计、监测等管理工作网络化，初步建立野生动物保护管理体系，完善科研体系和进出口管理体系。到2015年，全国各级野生动物类型自然保护区总数增加到575-585个，面积达5070-5090万公顷，形成完整的自然保护区保护管理体系，使60%的国家重点保护野生动物种群数量得到恢复和增加，35%的国家级自然保护区达到规范化建设要求。
远期目标与任务（2016－2020年）：全面提高野生动物保护管理的法制化、规范化和科学化水平，实现野生动物资源保护和利用的良性循环。进一步增加全国野生动物类型自然保护区数量和面积，全面提高管理质量。新建一批野生动物禁猎区、繁育基地，使我国85%的国家重点保护野生动物种群数量得到恢复和增加，使70%的国家级和50%的地方级自然保护区实现规范化建设。
4、保护与利用措施
实施野生动物拯救工程。在黑龙江省饶河、虎林和吉林省珲春等地实施东北虎拯救工程；在蒙新高原荒漠区实施藏羚羊、林麝和雪豹拯救工程；在青藏高原实施藏羚羊、普氏原羚和马麝拯救工程；在喜马拉雅地区实施喜马拉雅麝的拯救工程；在长江上游山系实施大熊猫拯救工程；在藏东南地区实施孟加拉虎和黑麝拯救工程；在湘南、闽西、赣南、粤北地区实施华南虎拯救工程；在皖南和浙西地区继续实施扬子鳄拯救工程；在滇南地区实施印支虎拯救工程；在滇南、桂南地区实施长臂猿拯救工程。
建立野生动物自然保护区。在目前自然保护区建设的基础上，至2020年，新建100个左右各级野生动物类型自然保护区。在蒙新高原荒漠区加强有蹄类动物的保护和荒漠生态系统保护区的建设，重点新建4处以保护藏羚羊和林麝为主的保护区和5处禁猎区；在四川省西部高原地区实施黑颈鹤保护工程；在四川、云南两省完成金丝猴种群及栖息地保护工程和虹雉等特有雉类栖息地保护工程，新建30条动物走廊带；在华东丘陵地区完成丹顶鹤、白鹤越冬地建设，以及黄腹角雉、白颈长尾雉等特有雉类栖息地建设；在华南低山丘陵地区实施亚洲象栖息地和海南坡鹿栖息地的自然保护区建设。
建立动物园和规模化野生动物繁育中心。根据地方条件和需要，在经济发达地区，建设地市级城市动物园或动物展区，近期和中期建设总数为50-60个。在完善现有11处野生动物救护繁育中心的基础上，新建20处规模化野生动物繁育中心（或驯养繁殖场），解决高鼻羚羊、麝、麂、穿山甲、灵长类、羚羊类、灵猫、野猪、紫貂、河狸、雉类、雁鸭类、鸠鸽类、观赏鸟类、陆生蛇类、巨蜥、陆龟、虎纹蛙等野生动物种源的规模化繁育及技术问题，引进羊驼、西瑞等种源进行繁育推广，进一步丰富驯养繁殖的野生动物种类。规范管理各类野生动物驯养繁育场所及其商业活动。
加强资源利用技术研究。在可利用资源本底调查和保护工作不断加强的基础上，发展相关技术，对某些有条件利用的种类合理开发其观赏、狩猎和动物制品。在2015年之前，重点加强圈养野生动物种群遗传衰退的生物学研究，加强遗传多样性的恢复技术、驯养繁殖技术和传染病的预防与控制技术以及药用动物制品有效成分的鉴定和替代品开发技术研究，加强经济野生动物产业化和规模化养殖的关键技术、转基因动物与动物制品的研制开发技术、野生动物产业状况监测技术和解决产业化关键问题的管理技术等方面的研究。加强野生动物动态监测体系、疾病控制防治预警系统以及信息系统的研究。
（二）水生生物资源保护与利用
1、现状
水生生物资源具有巨大的经济、社会和生态价值。我国水生生物资源具有特有程度高、孑遗物种数量大、生态系统类型齐全等特点，目前经调查并记录的水生生物物种有2万多种，其中鱼类3800多种、两栖爬行类300多种、水生哺乳类40多种、水生植物600多种，具有重要利用价值的水生生物种类200多个。以水生生物资源为主体形成的水生生态系统，在维系自然界物质循环、能量流动、净化环境、缓解温室效应等方面功能显著，对维护生物多样性、保持生态平衡有着重要作用。
水生生物是人类重要的食物蛋白来源。目前，我国水产品产量占动物性（肉、禽蛋、水产品）食物生产量的1/3，为保障食物安全、改善人民膳食结构和提高营养水平发挥了重要作用。2006年，我国水产品出口额达到93.6亿美元，同比增长18.7%。渔业已成为我国国民经济的重要组成部分，是促进农村经济发展、调整农业产业结构、增加农民收入的有效途径之一。
多年来，各级渔业行政主管部门在水生生物资源保护方面开展了大量工作，取得了一定成效：相继组织实施了海洋伏季休渔制度、长江禁渔期制度、捕捞许可管理制度、海洋捕捞渔船数量功率指标双控制度、海洋捕捞产量“零增长”、“负增长”计划及捕捞渔民转产转业等一系列行之有效的保护管理制度和措施；积极开展水生生物资源增殖放流活动， 1999年－2006年间，各地累计向海洋和内陆水域增殖放流各类渔业资源种苗达892.2亿尾（粒）。仅2004年－2006年间，投放各类水生生物资源种苗450.2亿尾（粒），增殖品种达90多个。建设各种类型人工鱼礁43处，总体积60余万立方米；建成国家级水产原良种场43个，省级水产原良种场168个，建立各级各类水生生物自然保护区近210个，其中国家投资建设的水生野生动植物保护区和救护中心48个，已累计救治各类珍稀濒危水生野生动物10000多头（尾）。
2、存在的主要问题
水域生态环境不断恶化。近年来，我国废水排放量呈逐年增加趋势， 2006年监测数据表明，我国主要江河均遭受不同程度污染，长江、黄河、淮河等七大水系的408个水质监测断面中，有46%的断面满足国家地表水Ⅲ类标准；28%的断面为Ⅳ～Ⅴ类水质；超过Ⅴ类水质的断面比例占26%。全国近岸海域288个海水水质监测点中，达到国家一、二类海水水质标准的监测点占67.7%；三类海水占8.0%；四类、劣四类海水占24.3%。全国海域未达到清洁水质标准的面积约14.9万平方公里，其中，严重污染海域面积约为2.9万平方公里。四大海区近岸海域有机物和无机磷浓度明显上升，无机氮全部超标，渤海、长江口、杭州湾、珠江口等经济发达地区近岸水域污染情况尤为严重。水域污染事故频繁，2006年仅渔业污染事故就发生1463起，造成直接经济损失和天然渔业资源损失36.4亿元。近岸海域和内陆水域是众多水生生物的主要产卵场和索饵育肥场，受污染影响，水域功能明显退化，水生生物的亲体繁殖力和幼体存活力降低，水域生产力急剧下降，其中渤海水域，生产水平已不足20世纪80年代的l/4。
过度捕捞造成渔业资源严重衰退。2004年，我国捕捞机动渔船数量35.6万艘，专业捕捞渔民达183万人，是世界上捕捞机动渔船最多、专业捕捞渔民数量最大的国家，其中海洋捕捞机动渔船22万艘，功率1234万千瓦，专业捕捞渔民约112万人。根据资源调查与专家评估结果，现有海洋捕捞能力已超过资源承受能力的30%以上。同时，长期以来粗放式、掠夺式的捕捞生产方式，大量非传统渔业劳动力的无序涌入，使海洋生物资源承受着日益巨大的压力。内陆渔业资源状况也不容乐观，长江流域的捕捞产量已从上世纪50年代的40多万吨下降到目前的10万吨左右。
其他人类活动致使大量水生生物栖息地遭到破坏。拦河筑坝、围湖造田、交通航运和海洋海岸工程等人类活动的增多，使水生生物生存空间被挤占，洄游通道被切断、栖息地及生态环境遭严重破坏，生存条件不断恶化。水利水电工程和海洋海岸工程对水域生态造成的不利影响不容忽视，对内陆水域中的珍稀濒危水生生物破坏尤为明显，直接导致我国水生野生动植物濒危程度不断加剧。据调查，我国处于濒危状态的水生野生动植物种类已由1988年的80个上升到目前的近500个，白鳍豚、白鲟、鲥鱼等珍稀物种濒临绝迹，或已难觅踪迹。
3、主要目标与任务
近期目标与任务（2006-2010年）：水生生物资源衰退、濒危物种数目增加的趋势得到初步缓解，过剩的捕捞能力得到压减，捕捞生产效率和经济效益有所提高。全国海洋捕捞机动渔船数量、功率和国内海洋捕捞产量分别压减到19.2万艘、1143万千瓦和1200万吨左右；每年增殖重要渔业资源品种的种苗数量达到200亿尾（粒）以上；省级以上水生生物自然保护区总数达到100个以上。
中期目标与任务（2011-2015年）：渔业资源衰退和濒危物种数目增加的趋势得到进一步遏制，全国海洋捕捞机动渔船数量、功率和国内海洋捕捞产量分别压减到17.6万艘、1070万千瓦和1100万吨左右；每年增殖重要渔业资源品种的种苗数量达到300亿尾（粒）以上；省级以上水生生物自然保护区总数达到150个以上。
远期目标与任务（2016-2020年）：渔业资源衰退和濒危物种数目增加的趋势基本得到遏制，捕捞能力和捕捞产量与渔业资源可承受能力大体相适应。全国海洋捕捞机动渔船数量、功率和国内海洋捕捞产量分别压减到16万艘、1000万千瓦和1000万吨左右；每年增殖重要渔业资源品种的种苗数量达到400亿尾（粒）以上；省级以上水生生物自然保护区总数达到200个以上。
4、保护与利用措施
加强渔业资源重点保护。坚持并不断完善禁渔区和禁渔期制度，针对重要渔业资源品种的产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等主要栖息繁衍场所及繁殖期和幼鱼生长期等关键生长阶段，设立禁渔区和禁渔期，对其产卵群体和补充群体实行重点保护。继续完善海洋伏季休渔、长江禁渔期等现有禁渔区和禁渔期制度，并在珠江、黑龙江、黄河等主要流域及重要湖泊逐步推广。修订《重点保护渔业资源品种名录》和重要渔业资源品种最小可捕标准，推行最小网目尺寸制度和幼鱼比例检查制度。建立水产种质资源保护区，强化和规范保护区管理。建立水产种质资源基因库，保存水产遗传种质资源。采取综合性措施，改善渔场环境，对已遭破坏的重要渔场、重要渔业资源品种的产卵场实施重建计划。
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