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增殖渔业资源。统筹规划和合理确定适用于渔业资源增殖的水域滩涂，重点针对已经衰退的重要渔业资源品种和生态荒漠化严重水域，采取各种增殖方式，加大增殖力度，不断扩大增殖品种、数量和范围。合理布局增殖种苗生产基地，确保增殖种苗供应。制定国家和地方的沿海人工鱼礁和内陆水域人工鱼礁建设规划，科学确定人工鱼礁（巢）的建设布局、类型和数量，注重发挥人工鱼礁（巢）的规模生态效应。规范渔业资源增殖管理，大规模的增殖放流活动，要进行生态安全风险评估，大型人工鱼礁建设项目要进行可行性论证。
实行负责任捕捞管理。根据捕捞量低于资源增长量的原则，确定渔业资源的总可捕捞量，逐步实行捕捞限额制度。继续完善捕捞许可证制度，严格执行捕捞许可管理有关规定。加强对渔船、渔具等主要捕捞生产要素的有效监管，强化和规范职务船员持证上岗制度，逐步实行捕捞从业人员资格准入，严格控制捕捞从业人员数量。
引导捕捞渔民转产转业。积极引导捕捞渔民向养殖业、水产加工流通业、休闲渔业及其它产业转移，实行捕捞渔民转产转业扶持政策。国家财政预算继续安排减船转产专项补助资金，地方各级政府要加大投入，落实各项配套措施，确保减船工作顺利实施。对转产从事其他行业的捕捞渔民，财政、金融、税务等部门继续实行优惠政策。
加大自然保护区建设力度。加强水生野生动植物物种资源调查，在充分论证的基础上，结合当地实际，统筹规划，逐步建立布局合理、类型齐全、层次清晰、重点突出、面积适宜的各类水生生物自然保护区体系。建立水生野生动植物自然保护区，保护白鳍豚、中华鲟等濒危水生野生动植物以及土著、特有鱼类资源的栖息地；建立水域生态类型自然保护区，对珊瑚礁、海草床等进行重点保护。加强保护区管理能力建设，完善保护区管理设施，加强保护区人员业务知识和技能培训，强化保护区内禁渔、巡航监督、跟踪监测及其他管理措施，促进保护区的规范化、科学化管理。
实施濒危物种专项救护。建立救护快速反应体系，建设水生野生动物救护中心或基地，增加应急救护专项经费，对误捕、受伤、搁浅、罚没的水生野生动物及时进行救治、暂养和放生。针对白鳍豚、白鲟、水獭等亟待拯救的濒危物种，制定重点保护计划，采取特殊保护措施，实施专项救护行动。对栖息场所或生存环境受到严重破坏的珍稀濒危物种，采取迁地保护措施。
驯养繁殖濒危物种。对中华鲟、大鲵、海龟和淡水龟鳖类等国家重点保护的水生野生动物，建设基因库、细胞库等，保存种质资源。建设濒危水生野生动植物驯养繁殖基地，进行驯养繁育核心技术攻关。建立水生野生动物人工放流制度，制订相关规划、技术规范和标准，对放流效果进行跟踪和评价。
管理濒危物种经营利用。调整和完善国家重点保护水生野生动植物名录。建立健全水生野生动植物经营利用管理制度，对捕捉、驯养繁殖、运输、经营利用、进出口等各环节进行规范管理，严厉打击非法经营利用水生野生动植物行为。根据国内外有关法律法规规定，完善水生野生动植物进出口审批管理制度，严格规范水生野生动植物进出口贸易活动。加强水生野生动植物物种识别和产品鉴定工作，为水生野生动植物保护管理提供技术支持。
监管外来物种。加强水生动植物外来物种管理，完善生态安全风险评价制度和鉴定检疫控制体系，建立外来物种监控和预警机制，在重点地区和重点水域建设外来物种监控中心和监控点，防范和治理外来物种对水域生态造成的危害。
（三）畜禽遗传资源保护与利用
1、现状
我国畜禽等家养动物主要有猪、鸡、鸭、鹅、特禽、黄牛、水牛、牦牛、独龙牛、绵羊、山羊、马、驴、骆驼、兔、水貂、貉、蜂等20个物种，共计576个品种，其中地方品种为426个、培育品种有73个、引进品种有77个。
20世纪50年代初至70年代中期，农业部两次组织全国家畜品种资源调查，编写出《祖国优良家畜品种》以及各种家畜的品种志，为我国畜禽遗传多样性保护奠定了基础。20世纪80年代以来，开展了畜禽遗传资源调查、收集整理、品种遗传关系研究、活体和冷冻移地保护、保护和开发利用方案等方面工作。90年代末，开展了“畜禽种质资源收集、整理、评价、保存”项目，新发现了一批畜禽遗传资源，收集了畜禽种质资源动态变化信息，对绵、山羊进行了遗传多样性分析，建立了畜禽遗传资源体细胞保存体系，收集了濒危畜禽动物资源入库长期保存。并且建立了畜禽遗传资源数据库，收录了282个品种的信息。2002年，建立了畜禽遗传资源网络信息系统，收集500余个畜禽品种的信息资料，初步实现了网络查询和共享。
由于生态环境恶化、品种单一化等因素，畜禽种质资源的状况堪忧。随着新畜禽品种的推广，过去数千年来驯化的许多传统品种被遗弃，大量珍贵的遗传资源也随之损失，如上海的荡脚牛、湖北的枣北大尾羊、河南的项城猪、江苏的九斤黄鸡等已经完全灭绝。1999年调查结果表明，严重濒危畜禽品种达37个。
2、存在的主要问题
畜禽品种资源收集尚存差距，基因鉴定工作停留于表面。由于我国农业系统复杂，品种资源收集工作量大，对部分地区的畜禽种质资源未能进行深入细致的考察，致使一些品种资源未能编目并得到有效保护。对于现有畜禽品种资源的种质鉴定评价，尽管做了大量基础性工作，积累了一些鉴定数据，但基因的传递和变异规律仍需深入研究。
科学技术手段落后，研究力量薄弱。我国在基础研究，创新研究方面成果较少，缺乏具有自主知识产权的研究成果。相应专业人才缺乏、试验手段落后和技术开发力量薄弱，尚未形成完整健全的研究工作体系。
投入不足，设施与手段落后。由于我国畜禽品种资源保护工作起步较晚，保护体系不健全，保护措施不配套，资金投入严重不足，目前国家重点保护的78个畜禽品种中，有14个品种还没有保种场，近一半以上的保种场经营困难，开展保种选育工作难度很大，部分畜禽品种的优良性状严重退化或丧失。
缺乏创新机制。我国畜禽品种资源保护与开发的组织形式单一，多数资源保护场处于被动保种，对畜禽品种的培育和优良遗传基因的开发利用不够，科研工作滞后，造成多数品种保护和利用脱节。大部分地方品种未能得到很好的保护，保种场经济效益差。
新驯化动物缺乏规范管理。近年来，为开发野生动物的经济用途，各地新驯养了一些食用动物、毛皮动物、药用动物等种类，如果子狸、紫貂等，对这些驯养动物的资源情况缺乏系统的调查。另一方面，宠物的家庭饲养越来越普遍，种类也越来越多，目前对宠物类动物资源现状缺少了解。此外，对驯养动物和宠物动物传染性疾病的防治还不够重视，许多疾病的传染机理尚不清楚。
3、主要目标与任务
近期目标与任务（2006～2010年）：开展畜禽遗传资源普查，用2-3年的时间基本查清我国现有畜禽品种（类群）的数量、分布、特性及开发利用状况，并在此基础上出版国家畜禽品种志书，逐步建立、完善畜禽遗传资源数据库和信息网；加强畜禽品种保种场、保护区基础设施建设，对濒危资源实施抢救性保护，对国家级、省级保护品种实施重点保护，国家级保护品种有效保护率要达到100%，对于实施抢救性保护的濒危品种，确保登记品种不再消失；继续加强国家家畜基因库（北京）、家禽基因库（江苏）和水禽基因库（福建）建设，增强保种能力，建立畜禽遗传资源细胞库，开展多种形式保护研究；采取现代生物技术与常规技术相结合的方法，加快新品种培育和推广的步伐，每年培育出3-5个畜禽新品种（配套系）。
中期目标与任务（2011～2015年）：根据资源调查结果，建立相应的原产地保护设施或异地保存设施。开展畜禽遗传资源库建设，完善畜禽遗传资源收集、评价及保存技术体系，实现畜禽遗传资源长期、妥善保存；鉴定和筛选一批优异畜禽种质基因，建立畜禽“优异基因核心库”，实现畜禽遗传资源的创新和有效利用。
远期目标与任务（2016～2020年）：跟踪世界畜禽遗传资源研究的动向，结合我国实际情况，逐步实现由重点收集、监测到深入评价和利用的转变，进而有针对性地、快速地、连续不断地为生产、育种和其它科研提供一批名、特、优资源及创新材料。研究出学术水平较高、实用价值较大的成果，在优势专业和新型技术等若干领域缩短与世界水平的差距，增强我国动物农业的国际竞争力。
4、保护与利用措施
继续进行国内外种质资源的考察和收集。至2010年，基本完成对已知畜禽和特种经济动物种质资源的收集入库。考察收集国外新品种和有用品种，在确保国家珍稀资源不流失的前提下，加强国际畜禽种质交换，着重引进利用价值高的品种资源，收集多样性丰富的种质资源和有益基因，并加强检疫研究和完善检疫基地。
加强畜禽遗传资源保存体系建设。在原有畜禽种质资源就地保护场的基础上，2020年前，增加30-50个畜禽原生境保护场，保护濒危受威胁的畜禽种质资源，同时完善已建畜禽遗传资源保护场和保护区建设，使更多的地方畜禽优良品种得到保护；继续加强国家家畜基因库、家禽基因库和水禽基因库的建设，建立畜禽遗传资源细胞库和DNA库。
建立畜禽遗传资源评价体系和畜禽“优异基因核心库”。采用先进技术，研究我国畜禽动物及其近缘野生种的起源、进化和分类。建立畜禽遗传资源的生产性状、品质性状、抗逆性和形态学评价体系，研究制定畜禽遗传资源评价国家或行业标准，对畜禽遗传资源进行全面、系统的评价。
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