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加强特殊与优异基因的筛选和优异种质创新利用体系建设。研究畜禽遗传资源的功能基因组学和比较基因组学，筛选影响畜禽肉、蛋、奶、毛等畜产品产量和品质的主效基因；研究分子数量遗传学和生物信息学，对重要经济性状的主效基因进行分离、克隆、测序和定位，开展优异种质创新和利用研究。在2010年前，完成部分家畜禽种类重要经济性状主效基因的分离和克隆。2020年前，在优异种质创新和利用研究方面取得突破性进展。
大力推进畜禽品种资源开发利用，实现产业化开发。根据市场需求，有计划、有步骤、有重点地引进国外优良畜禽品种，同时开发和利用好地方畜禽遗传资源，争取在2015年前，培育出30个用于生产推广的新畜禽品种（配套系），逐步形成以自我开发为主的育种体系。以名牌品种为依托，通过严格规范和独特的生产加工方式，生产出系列化优质产品，全面带动畜禽遗传资源的开发利用。
促进畜禽遗传资源共享服务平台建设。在2010年前，完成制定畜禽遗传资源普查、数据采集和整理的国家标准与技术规范，制定畜禽遗传资源分类分级标准、编码体系；制定畜禽遗传资源数据标准和数据质量管理规范。2015年前，建成以畜禽遗传资源网络数据库系统为基础的共享服务平台。
（四）农作物及其野生近缘植物种质资源保护与利用
1、现状
我国农业历史悠久，据不完全统计，全国有农作物及其野生近缘植物数千种，其中栽培植物约1200种，主要栽培的600多种，其中起源于我国的近300种。我国农作物种质资源数量位居世界前列。
过去几十年中，我国农作物种质资源大量丧失或遭到严重破坏。一是由于作物新品种和栽培技术的提高，使大量老品种特别是农家品种遭到淘汰，虽然多数品种资源已得到收集保存，但仍有部分丢失；二是因为土地用途改变、大型水利与交通工程建设、城市扩展等，一些重要作物的野生近缘种生境遭受破坏，面积缩小或消失，如普通野生稻、药用野生稻和疣粒野生稻的栖息地和种群数量比20年前约分别减少了70%、50%和30%；三是在对外合作研究中，因保护意识不强和管理不力，造成农作物种质资源的大量流失。
我国自20世纪50年代以来，先后组织了多次农作物种质资源及其野生近缘植物的征集和考察，收集到大量的样本和标本。特别是20世纪80年代以来，国家在农作物种质资源保存设施建设方面加大了投入，已基本形成种质资源保存长期库、中期库和种质圃相配套的保存体系。目前编入全国作物种质资源目录的资源材料约40万份，其中已入国家作物种质库（圃）的为38万多份，涉及1000多个物种。对上述的种质资源已进行了主要农艺性状鉴定，多数或部分进行了主要病虫害、逆境和品质鉴定，对优良种质资源已开展了综合评价和利用研究。
我国农业野生植物原生境的就地保护工作起步较晚，从21世纪初才开始实施保护区（点）建设。目前已建成或正在建设的农业野生植物原生境保护区（点）共67个，保护的野生植物有7科、12属、14种，以野生稻、野生大豆和小麦野生近缘植物为主。
2、存在的主要问题
法律法规执行不力，原生境保护滞后。国家虽已发布了一系列有关农作物种质资源的法律法规，但由于宣传不广泛、守法意识差、执法不力等原因，生物物种资源流失现象严重，急需加强对生物物种资源引进引出的管理。目前农作物种质资源保护工作主要侧重于非原生境保存，而原生境保护直到21世纪初才开始启动。由于原生境保护工作滞后，使许多重要的作物野生近缘植物原生境遭到严重破坏，原生境保护点的建设速度远远落后于破坏速度。
本底尚不清楚，种质资源收集不全。农作物种质资源特别是作物野生近缘植物资源的普查缺乏系统性，涉及的种类少、范围小，对全国各类农作物野生近缘植物的种类和种群数量不清楚，有些门类的调查尚属空白，即使是已调查过的物种，因缺乏监测，对其数量、分布区、受威胁程度和原因等尚不清楚。农作物种质资源收集保存量尚不足40万份，还有相当多的种质资源没有完成收集，特别是作物野生近缘植物资源和国外农作物种质资源的收集工作还很薄弱。
研究滞后，基因鉴别能力不足。虽然我国的种质资源丰富，但通过研究筛选出的具有突出利用价值的优异种质很少，能够拥有自主知识产权的功能基因资源更少，这既不能满足作物育种和农业生产的需求，也不能适应日益激烈的国际遗传资源竞争。迫切需要对已保存农作物种质资源的性状基因进行鉴别，发掘对作物育种和农业生产有益的基因。
3、主要目标与任务
近期目标与任务（2006-2010年）：继续进行农作物种质资源多样性和农业野生植物的濒危状况调查；完成农作物种质资源收集、整理、保存技术规程以及农业野生植物就地保护的技术规范和原生境保护区（点）建设技术标准的编制；继续考察收集农作物种质资源和农业野生植物，对西部地区农作物种质资源进行抢救性考察收集；完善、更新国家长期库、中期库、种质圃的设施和基础条件，增建种质圃7～9个，增建一座热带亚热带牧草中期库，并进行监测和更新保存的种质资源；应用超低温技术和试管苗技术保存特殊类型的种质资源，并研究相关的保存方法和技术；增建50～80个农业野生植物原生境保护区（点）；逐步完善管理体系和法律法规以及有关规章制度。
中期目标与任务（2011-2015年）：完成农作物种质资源多样性和农业野生植物濒危状况的调查；继续考察收集农作物种质资源，基本完成西部地区农作物种质资源的抢救性考察收集；完善国家长期库、中期库和种质圃的设施和基础条件，增建种质圃3～5个，继续监测已保存种质资源的活力并定期更新；国家长期库和中期库保存种质资源增加到40万份和30万份，国家种质圃保存种质资源增加到4.7万份；增建农业野生植物原生境保护区（点）90～110个，建成超低温保存库和试管苗保存库各1座；管理体系和法律法规基本健全。
远期目标与任务（2016-2020年）：保护设施和技术以及保护的资源种类、数量、质量和利用水平等全面跻身世界先进行列；收集、保护、保存、利用和管理达到规范化和信息化；全国长、中期库配套，种质圃达40个，超低温保存库和试管苗库保存设施健全；原生境保护区（点）达到260个；长期保存的种质资源达到45万份；管理体系和法律法规比较健全。
4、保护与利用措施
继续进行农作物种质资源的收集。我国农作物种质资源收集工作潜力大。我国西部地区是多种作物的起源地和农业野生植物分布中心，抢救那里的农作物种质资源和农业野生植物资源。同时，要加紧国外农业种质资源的收集，满足未来农业可持续发展的需要。
建立原生境保护区（点）。加快建立农业野生植物原生境保护区（点），近期建成50～80个，中期建成90～110个，远期建成90～110个，共计260个，其中在华南和西南地区建立野生稻原生境保护点32个，在西北地区建立小麦野生近缘植物原生境保护区（点）18个，在东北、华北、华中和西北地区建立野生大豆原生境保护点36个，在华中和华东地区建立水生野生蔬菜原生境保护点15个，在西北、华北地区建立栽培牧草近缘野生种原生境保护点50个。在全国范围内建立野生牧草、野生蔬菜、野生果树、野生药材、野生花卉、野生茶、野生桑等原生境保护点99个。在西南地区建立籽粒苋、红花、藜等未被开发利用作物的农场（田）保护区，在华北和西北地区建立荞麦、燕麦、高粱等小宗作物的农场（田）保护区。
建立和完善非原生境保护设施。加强国家农作物种质资源长期库及备份库、中期库仪器设备的更新和维护，完善我国农业科学院作物专业所、全国畜禽牧草种质资源保存利用中心和地方科研单位的26座中期库。增建国家作物种质圃10～15个，近期在江苏省（或浙江省）建立1个杨梅种质圃，在河北省廊坊市建立1个无性蔬菜种质圃，在河南省、湖北省和云南省各建立1个野生猕猴桃种质圃；中期在海南省建立1个咖啡和1个香料种质圃，在新疆维吾尔自治区建立1个野生苹果圃，在华南地区分别建立热带果树圃、木薯圃、热带牧草圃、热带棕榈圃、剑麻圃各1个；远期在西南和华南地区各建立1个无性繁殖作物（已保存在圃中的物种除外）种质圃。完善已有的32个种质圃，健全2个试管苗库的配套设备和田间繁殖圃。在北京市建成1座超低温保存库。
开展农作物种质资源的更新繁殖、性状鉴定与评价。重点对入库（圃）作物种质资源的优良品质重要性状进行鉴定和评价，加强极端环境条件下的农业野生植物特异性状的鉴定。近期主要针对水稻、小麦、大豆等作物，筛选1500～2000份优异资源；中期扩展到对主要粮食作物、油料作物、蔬菜、果树、花卉、牧草、天然橡胶等，筛选2000～3000份优异资源；远期将基本完成所有作物种质资源的性状鉴定和评价，筛选3000～3500份具有重要经济价值的优异资源，加强对库存资源尤其是优质资源的繁殖利用。
开展作物种质资源优异功能基因发掘与克隆。利用现代生物技术重点进行优异基因发掘和功能基因组研究，最大限度地获得我国具有自主知识产权的标记基因，并对重要基因进行分子标记鉴定和克隆，挖掘一批新的优质基因，促进农业野生植物资源的合理利用。定位200个高产、优质、抗病虫、抗旱、抗寒、耐高温、养分高效利用及对环境友好的基因，获得与优异基因紧密连锁的分子标记，克隆出60～80个具有重要应用价值的新基因，为育种提供一批重要的中间材料及分子标记选择技术。
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