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我国第一个专业微生物菌种保藏机构是成立于1951年的中国科学院菌种保藏委员会。随后，又陆续建立了医学和工业微生物菌种保藏机构。1979年，原国家科委批准成立中国微生物菌种保藏管理委员会。目前，我国共有16个保藏中心（包括香港、台湾各一个）在世界菌种保藏中心注册，注册保藏各类微生物菌种61623株（其中台湾保存10398株）。相比之下，我国微生物菌种资源的占有量与资源丰富大国的地位极不相符。根据2005-2006年环保总局组织的调查统计，我国大陆区域共保存各类微生物菌种资源约29万株，主要分散保存在近50个微生物学研究单位，共有9个保藏中心出版发行了各自的菌种目录，登载各类共享微生物菌种20862株。这些菌种保藏单位，每年向社会提供各类微生物菌种估计在3万株左右。
2、存在的主要问题
不合理的开发使微生物资源受到威胁。自然界中的微生物易受环境因素的影响，一旦原始环境遭到破坏，其原有的微生物物种区系组成将发生变化，一部分物种甚至消失灭绝。
资源本底不清，缺少菌株动态调查和编目信息系统。除放线菌和根瘤菌，我国原核微生物资源缺少系统和全面的调查研究。对于我国已鉴定和保存的微生物菌种数量已有比较清楚的数据，但是在菌株水平上，资源本底仍然不清。微生物菌株保存信息系统也尚未建立。微生物资源拥有数量的严重不足，已成为制约我国生命科学研究和生物技术产业发展的瓶颈之一。
研究工作不充分，开发利用率低。基础研究方面与发达国家相比尚有差距，在应用研究方面大多是模仿国外，对已经开发利用的微生物资源，资源共享不充分，实现共享的菌种资源不到30000株。资源评价工作目前处于表观性状或产量性状层面，缺少系统研究，无法揭示菌种全面的生物学特性，为资源开发所能提供的信息有限，综合开发利用率低下。
3、主要目标与任务
近期目标与任务（2006-2010年）：查明各研究机构保存的微生物菌种和菌株，重点调查和收集具有重要应用前景的微生物资源，加强微生物资源库的能力建设和设施建设，重建我国微生物资源保存和共享体系，根据需要引进国外重要经济微生物菌种和菌株，系统开展重要微生物资源的编目和收集保存。到2010年，我国微生物资源储备超过35万株。
中期目标与任务（2011-2015年）：充分利用现代生物科学技术的最新成果，建立微生物资源发掘、分离培养、保存、评价的完整技术体系，实现微生物物种和基因资源收集、保存、研究、开发利用的有机整合。到2015年，我国微生物遗传资源储备超过40万株。同时开发农业生物制剂用微生物菌种资源，开发安全、健康的微生物食品或食品添加剂，提高我国食品安全保障水平。
远期目标与任务（2016-2020年）：到2020年，我国微生物资源储备超过45万株。同时通过大规模筛选和提取微生物生物活性物质，研制一批抗肿瘤、抗真菌、抗病毒、新型人用、畜用和农用抗生素等微生物药物。利用微生物技术，大幅度提高再生能源的生产效率，突破环境生物修复、整治技术。在微生物资源领域取得一批具有自主知识产权的新资源和新技术。
4、保护与利用措施
加快微生物资源的查明和编目工作。抓紧微生物资源调查，重点调查和收集具有重要应用前景的微生物资源，逐步摸清我国微生物资源家底。在资源调查中，要特别关注我国特有自然生态地区内的微生物资源，对不同生态地区进行广泛调查、分离和收集，开展系统学、分类学研究，以及类群之间亲缘关系和系统演化理论的探讨。资源调查中还要特别重视极端环境微生物资源和污染环境微生物资源，选择具有特殊化学因子的盐湖、碱湖、热泉、深海等，发展采样、分离、培养等新的方法技术，进行系统的物种及基因分析。
建立国家微生物资源库与共享体系，并进行系统的研究工作。我国虽已建立了微生物菌种保藏体系，但其规模、机制、功能已不能适应当今科学研究和应用开发的发展需要。需要整备、重建高水平的国家微生物菌种资源保存与管理体系，以及信息资源共享服务体系。到2015年，共享微生物菌种超过10万株，保护的微生物物种达5000种，为工农业生产、环境保护、科研教育提供优质微生物遗传资源、信息资源和技术保障。需要对微生物资源进行系统和深入的研究工作，特别是结合疫病等传染病防治工作，对病原微生物的传播机理进行深入研究。
依靠科学技术进步不断开发微生物资源潜力。不断发展能够展示微生物资源特性的检测或筛选技术，发展新的理论和技术，建立不同技术集成平台，包括组合化学技术、分子育种技术、微阵列技术、高通量筛选技术等。在此基础上，研究和建立高效筛选模型，缩短资源的开发利用周期。至2015年，要集中研究力量，有计划地采集和分离微生物菌种及菌株，对已分离的菌种及菌株进行保存、评估和利用。
开发利用各类微生物资源。注重调查和收集土壤中具有药用价值的微生物资源，从中寻找各种生理活性物质，如各种酶抑制剂、免疫调节剂、受体拮抗剂和激动剂、离子载体、类激素、抗氧剂、生物表面活性剂和抗辐射药物等。到2020年，开发出100个微生物新药。深入研究与生物固氮、生物防治以及和纤维素、木质素等自然资源的合理利用有关的微生物资源，促进其在我国农业生产中发挥重要作用，包括微生物饲料和现代微生物农药以及现代微生物肥料的应用，到2020年，人工驯化栽培珍稀食用菌达100种。
加强生物能源的研究。通过微生物发酵技术，利用有机废物转化产生再生能源，利用微生物产生氢和生物电池。此外，还要加强微生物在生态环境保护方面的应用，利用微生物的分解特性，处理生产和生活中的有机废弃物，净化环境。
（十一）与生物物种资源相关的传统知识保护与利用
1、背景
传统知识是指当地居民或地方社区经过长期积累和发展、世代相传的，具有现实或者潜在价值的认识、经验、创新或者做法。与生物物种资源相关的传统知识在食品安全、农业和医疗事业的发展中，发挥着重要的作用。我国历史悠久，民族众多，各族劳动人民在数千年的实践中，创造了丰富的保护和持续利用生物多样性的传统知识、革新和实践。
近年来，与生物物种及遗传资源相关的传统知识保护问题已经成为《生物多样性公约》（CBD）和世界知识产权组织（WIPO）乃至世界贸易组织（WTO/TRIPS）等关注的重要议题，也是发展中国家与发达国家争论的焦点之一。
《生物多样性公约》提出，鼓励公平分享因利用土著传统知识、创新和实践而产生的惠益，要求各缔约国，依照国家立法，尊重、保护和维持土著和地方社区体现传统生活方式并与生物多样性保护和持续利用相关的知识、创新和实践，促进其广泛利用，鼓励公平地分享因利用此等知识、创新和做法而获得的惠益。
随着履行《生物多样性公约》的深入，传统知识对于生物遗传资源的利用以及生物多样性保护的作用日益显现，成为《生物多样性公约》后续谈判新的热点问题。2004年，《生物多样性公约》第七次缔约方会议已决定成立“传统知识特设工作组”，研究在习惯法和传统做法的基础上建立保护传统知识的专门制度。
2、存在的主要问题
传统知识往往被视为公知领域的知识，权属不明确。许多与生物物种及遗传资源相关的传统知识是传统群体共同创造并世代相传的成果，其权属关系复杂，有的很久以前就已经文献化，或者以其他方式进入公知领域；还有的是以严格保密的方式由直系亲属或者师傅口头传授，没有文献化资料。这些都给传统知识的知识产权保护增加了难度。
现有专利制度要求，申请专利必须符合新颖性、创造性和实用性三个标准。传统知识因其公知性，不符合其新颖性条件。有些传统知识如传统的中药、藏药等，不像西药那样可以确切地表达其分子结构，难以清晰地界定其保护范围。另外，中药等复方是由多味中药材制成的产品，增减药味可能难以确定其侵权行为。
传统知识流失及失传现象严重。许多传统知识在尚未获得现代知识产权制度充分认可之前就已经流失国外，并被广泛流传和商业开发利用，而传统知识的持有人却不能分享利益。
3、主要目标与任务
近期目标与任务（2006-2010年）：密切关注《生物多样性公约》、世界知识产权组织、世界贸易组织等在传统知识保护方面的谈判进展，研究并制定传统知识保护的相关法律、法规、政策、保护方案与措施，建立遗传资源和相关传统知识获取与惠益分享制度。在全国范围内全面调查生物资源相关传统知识，并进行系统文献化编目，2010年前重点调查传统医药和传统农作物、畜禽品种资源，特别是加强少数民族地区相关传统知识的调查。
中期目标与任务（2011-2015年）：继续全面进行相关传统知识调查，除传统医药和传统农业品种资源，还要调查与保护和持续利用生物多样性相关的传统生态农业方式、社区生活方式和传统食品、工艺品加工技术，以及与生物多样性相关的民族文化与宗教文化，并对调查的相关传统知识进行系统文献化编目，建立数据库。结合国际上相关传统知识的谈判进展，研究制定和完善保护传统知识的相关政策、法规与制度，制定并完善遗传资源和传统知识获取与惠益分享的制度和机制，要求专利申请者必须披露所使用传统知识和遗传资源的来源。
远期目标与任务（2016-2020年）：2020年前基本完成全国传统知识的调查和数据库建立；通过评估，制定传统知识保护目录，继承、弘扬和推广具有应用价值的传统知识。建立和完善有效的传统知识保护制度，普遍实施专利申请中必须披露所使用传统知识和遗传资源来源的制度，确保在共同商定条件下与传统知识拥有者分享惠益。
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