坚持标本兼治、防打结合、综合治理的原则，采取边整治、边检查、边规范的方式，综合运用查、治、管、扶、建等措施，将专项整治与强化全程监管相结合，加强执法与健全制度相结合，行为整治与行业自律、诚信体系建设相结合，集中力量，集中时间，分阶段实施专项整治。
专项整治行动分三个阶段：
（一）调查摸底阶段（2008年10月至12月）。
集中开展清理和规范食品经营主体资格的专项执法检查。按照
《特别规定》的要求，坚持先证后照，依法登记注册，并对从事食品经营的主体，尤其是前置审批项目以及根据其他有关部门通报的后置审批项目的实施主体，在经济户口软件中予以特别标注。对食品经营主体资格进行全面清理，按照“谁登记、谁规范、谁负责”的原则，由各级注册登记机构分别实施；按照“谁监管、谁清理、谁负责”的原则，由各级工商分局组织、基层工商所采取逐户排查的办法，重点核查许可证是否合法有效、登记事项是否发生变化等，对发现存在主体准入方面问题的依法及时处理，确保主体资格合法有效。加大对无证无照经营食品行为的清理力度，为专项整治打下基础。具体以乡镇（街道）、行政村（社区）等基层组织为主，由属地工商所对辖区内流通领域食品经营户的分布情况进行摸底清查，登记造册，并汇总上报。
（二）整治规范阶段（2009年1月至2009年6月底）。
全面落实食品安全专项整治行动方案，组织实施专项整治与规范工作，紧密结合当地实际，突出重点品种、重点单位、重点区域，切实解决食品市场秩序等方面存在的突出问题，严厉打击制售假冒伪劣和无照经营行为。
一是集中开展对经营者履行进货检查验收等法定责任和义务情况的专项执法检查。要按照
《特别规定》的要求，在经营者自查自纠的基础上，引导其建立健全进货检查验收、索证索票、购销台账、质量承诺、不合格食品退市以及市场开办者质量责任等自律制度，监督其建立健全从进货、仓储、销售到退市的各个环节的内部产品质量管理体系，严格落实产品质量和食品安全的责任，做到不进、不存、不销不合格产品和假冒伪劣食品。要对全市的食品批发市场、农贸市场、商场、超市和乡镇、街道、社区的小食杂店铺进行拉网式排查，掌握各市场、店铺建立自律制度的情况，并对落实情况进行监督检查；对尚未建立自律制度的，督促其限期建立。加大对市场开办企业、柜台出租企业的检查力度，重点检查其是否按照
《特别规定》的要求建立并落实食品安全管理制度和责任制度，是否对入场销售者的经营资格、经营环境和条件、遵守内部安全管理制度情况及经营产品是否符合法定要求等情况进行检查并做好记录。要严格监督销售者实施不合格食品召回和退市制度，严防出现表面退市实际上继续销售的行为。
二是集中开展食品安全和产品质量专项执法检查。要充分利用质量监测等手段，有针对性的开展食品质量定向监测、跟踪监测，并加大处理力度。对散装食品以及现场加工制作食品，重点检查配料成份、微生物含量以及禁用工业化学品等情况；对包装食品，重点检查其合格证、保质期、添加剂、理化指标等内容；要突出检查节日性食品，重点整治价实不符、过度包装、搭售商品、虚假宣传及欺诈消费者等问题，切实保障节日消费安全；对监督检查中发现的不符合法定要求的食品，要依法查处。要加大对制假售假重点区域的监管力度，对问题突出的市场，抓住运输、仓储、销售等环节，切断假货流通渠道，摧毁假货集散地，切实保障流通环节食品市场消费安全；要结合加强对农村食品进货渠道和农村集市的管理，切实保障农村食品市场消费安全。
