3．强化企业排污的监督管理
全面推行排污许可和环境信用等级评价管理制度。对于不能达标排放或不能达到总量控制要求的，不得通过上市环保审核。推行绿色信贷政策，开展企业环境污染责任保险试点，限制污染企业融资来源，积极防范信贷风险。修订《
重庆市环境保护奖励与处罚办法》，查处企业环境违法行为，推进重点排污企业安装在线监控装置并实行联网监管。
（四）农村面源污染防治工程
1．加强养殖污染防治
编制《重庆市养殖业污染防治实施方案》，制定《重庆市养殖污染防治管理办法》。编制并实施禁养区内畜禽和水产养殖场的退出机制和鼓励政策，调整优化畜禽养殖布局和规模，2010年前完成禁养区内100%的畜禽养殖场的清查、搬迁和取缔工作。
优先开展饮用水源地上游、功能区不达标次级河流流域、三峡库区重点区域以及养殖密度较高地区的养殖污染整治。在适宜养殖区和限制养殖区内规划、建设规模化养殖场（区），配套建设污染防治设施。规模化养殖场畜禽养殖污染处理率2010年达到64%，2012年达到70%。5年内在适宜养殖区和限制养殖区内建设畜禽养殖小区300个，鼓励养殖专业户和散养户进入养殖小区。
进一步研究完善优惠政策，鼓励和支持规模化养殖场建设大中型沼气池、有机肥生产车间、沼液还田利用、向周边农民集中供应沼气等综合治理项目，推广养殖散户沼气池。禁止在三峡库区和城乡饮用水源保护区采用投放动物性饲料、化肥、粪便等污染水体的方式从事水产养殖，鼓励生态养鱼。5年建设农村沼气池50万户。
2．开展农村面源污染防治
禁止已明令淘汰的高毒高残留农药的生产、销售和使用，推广实施农业土壤测土配方施肥，采取灌排分离等措施控制农田氮磷流失。大力推广缓释可控化肥和以秸秆、畜禽粪便及污泥为原料的有机（复合）肥生产和使用，完善有机肥的生产性财政补贴政策。开展农产品基地土壤污染调查及监测，建设有机食品、绿色食品和无公害食品基地。
（五）船舶污染防治工程
禁止污水未处理、废弃物未接受处置的船舶进入主城区江段水域。2012年前建成6项船舶废弃物接收处置工程和4个化学品洗舱基地和船舶生活污水集中治理工程。在大型船舶逆水航程在4小时以上且100客位以上的客船和600总吨以上的机动货船安装一体化生活污水处理设备，其他船舶安装污水储存设施，收集后交岸上处理。
制订船舶污染应急方案，定期检查船舶防污设备，加强对化危品的水路运输管理，对餐饮船、茶水船、洗舱基地、水上拆解等岸线污染问题和行驶船舶污染设施故障、残油、含油废水等污染问题采取应急措施，避免船舶污染问题和突发事故对饮用水源和河流水体造成污染。2012年前建成船舶突发污染事故应急设备库。2009年起所有进入湖泊的旅游机动船舶要配备污水和废弃物收集设施或设备，船舶集中停泊区域要设置污染物接收与处理设施。
