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（六）次级河流水污染综合整治工程
1．综合整治次级河流水污染
优先保护具有饮用水源功能的次级河流水质，重点综合整治主要次级河流流域内的生活污染、工业污染、面源污染、养殖污染以及河道清淤等。2010年完成清水溪、梁滩河、苎溪河流域综合整治项目，启动巴南区花溪河等流域综合整治工程，璧北河、花溪河等11条次级河流综合整治后续项目的前期工作。2012年全面完成桃花河、御临河、濑溪河、澎溪河、龙溪河、小安溪、大溪河、花溪河、一品河流域水环境整治工程，再启动2条功能区水质不达标次级河流的专项整治，确保河流水质明显好转，2012年实现主城区河流水质功能区100%达标。
2．开展跨界次级河流断面水质考核和实行污染补偿政策
按照“规范监测、下管上游”的考核原则，开展跨界次级河流断面水质考核。2009年制定《重庆市次级河流跨界断面水质考核管理办法》，将全市23条跨区县（自治县）界次级河流断面水质纳入36个区县（自治县）人民政府年度环保目标考核，重点考核入境和出境水质监测断面的变化，考核结果纳入“碧水行动”和总量减排年度目标考核和党政一把手环保实绩考核内容。2010年实现“全覆盖”，全面实施跨区县（自治县）界次级河流断面水质目标考核并实行“流域限批”和“流域限建”。制定并实施跨界次级河流上下游污染补偿政策，优先对具有饮用水源功能和主城功能区不达标的次级河流实行污染补偿，根据跨界断面监测数据核定排污量和补偿额度，由市财政从区县（自治县）财政年度转移支付中扣缴。
3．实行重点次级河流水环境综合整治“目标责任制”
实行重点次级河流“目标责任制”，推进水环境综合整治工作。跨区县（自治县）界重点次级河流水环境综合整治原则上由市政府领导牵头协调推进，研究相关配套政策，解决实施过程中的重大问题。跨界河流流经的区县（自治县）河段、非跨界的次级河流水环境整治目标由区县（自治县）主要领导负责，并实施本行政区域河段的综合整治项目，接受水质目标考核。
4．科学整治和开发次级河流
加强库区回水区的“水华”控制，选择大宁河等建设示范工程重点突破流域污染控制、生态水利学调度和消落带生态重建等关键技术，实施澎溪河增殖放流示范工程，科学规划江河湖泊旅游业，防止超容量过度发展。湖泊周边度假村、旅游宾馆饭店等必须安装污水处理设施并确保达标排放。对不达标的次级河流优先实施湿地保护和恢复工程，加强生态滨河带和水源涵养林等生态隔离带的建设与保护，进一步降低氮磷入河总量。
（七）环境监控与风险防范工程
1．水环境监控系统建设
加强饮用水源地水环境自动监测和污染源在线监控能力建设。建设55个重点饮用水源自动监测和水质自动报警系统，并与环保12369中心联网，对突发污染事故快速报警。2010年完成所有国控和市控重点企业污染源自动监控系统安装工作，完成库区富营养化长期观测站和水生生物重点监测站建设。
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