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市发展改革委负责把“碧水行动”有关项目和资金纳入国民经济和社会发展计划。牵头推进次级河流水环境综合整治项目、城市生活污染整治、环境监控和风险防范工程等项目前期工作，负责跨界次级河流水环境综合整治实行“目标责任制”相关工作，负责推进全市产业结构调整和布局，牵头制定污水和垃圾处理有关收费政策以及市场化运营的政策措施。
市经委负责工业能源结构调整和重点水污染企业的环保搬迁。负责规范资源开发型工业发展秩序，制定和实施资源开发型产业发展指导意见。负责推进循环经济和清洁生产，协同有关部门编制产业结构与布局调整规划，配合关闭企业自备生活水厂。
市科委负责“碧水行动”有关科研项目的管理工作，开展水污染防治新工艺、新技术示范工程。
市监察局负责对有关行政部门及其工作人员实施“碧水行动”的效能监察，对不履行或不正确履行职责并造成严重后果的，追究相应责任。
市财政局负责落实并监督使用“碧水行动”市级财政专项补助资金。
市国土房管局牵头负责 “碧水行动”工程项目征地和红层找水工作。
市建委负责“碧水行动”生活污水、城市生活垃圾治理项目建设工作。
市规划局牵头负责协调“碧水行动”项目用地规划许可。
市市政委牵头负责城镇供水水质管理，建立城镇供水水质监测站，完善城镇供水水质监测网络；牵头开展全市建制镇以上供水水质状况调查，实施自备水厂关闭和取水点优化调整工作，加强供水应急保障能力的监督管理；牵头推进全市污水处理厂配套管网建设；牵头负责主城区建成区畜禽养殖禁养区内养殖户的搬迁和取缔工作；牵头负责对排水户向城市排水管网及其附属设施排放污水的活动实施监督管理，实施城市排水许可。负责城市污水处理厂污泥处理处置监督和管理，编制污泥处置专项规划。负责船舶生活垃圾接收、转运及处置工作的监督管理，编制小城镇生活污染治理规划。
市交委牵头负责船舶污染整治工程，编制并组织实施船舶污染治理工作方案、主城区码头优化调整方案，牵头开展船舶污染整治执法监督工作。
市水利局牵头实施农村饮用水源保障工程，组织实施“泽渝”工程一、二期项目，配合实施次级河流综合整治示范项目和污染补偿有关工作。
市农委负责养殖污染和农村其他面源污染防治工程，推广农村户用沼气池，部分河流增殖放流工作。
市卫生局负责水厂出厂水和管网末梢水监测及自备水厂水质监测，负责镇级以上医院废水治理和医疗废物的监督管理。
市移民局牵头实施三峡重庆库区四期固废库底清理工作。
市工商局负责依法吊销不符合环保要求的企事业单位（个体）经营执照。
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