项目承担单位按照项目规划设计批复和项目投资批复组织实施。项目实施应实行项目法人责任制、合同制、公告制、招标投标制和工程监理制。主要设备、材料和采购应严格按照省国土资源厅《关于严格规范土地开发整理项目施工和设备材料采购招投标活动的意见》（黔国土资发〔2005〕60号）执行。项目实施过程中原规划设计确须变更的，原则上应由原规划设计单位按有关规定进行修改变更，项目承担单位向原批准机关提交项目变更申请，并提交规划设计变更及相应预算调整方案，经批准后的变更方案作为竣工验收依据纳入项目管理。项目竣工后项目承担单位应当向项目所在地县级国土资源部门申请项目初验。县级国土资源部门根据项目设计要求组织县级财政、农业、农办、水利等部门的相关技术人员进行初验，并出具初验报告，项目实施单位要将项目竣工结算、竣工财务决算报县级财政部门评审，财政部门评审合格后予以批复。经初验合格的项目，项目承担单位向原批准机关申请验收，原批准机关接到项目承担单位的验收申请后委托本级土地开发整理机构按照有关规定对项目工程完成情况进行技术评定。通过工程结算审计和技术评定的进行验收。验收不合格的项目，由验收的国土资源部门责令项目承担单位限期整改，直至验收合格。不按期整改的，应依照有关规定，追究相关责任人的责任。
三、加强新增建设用地土地有偿使用费和耕地开垦费管理，规范经费收支
各县、特区、区应加强资金管理、规范经费收支，确保土地开发整理项目资金落实到位。各县、特区、区人民政府用于土地开发整理，实现耕地占补平衡的资金主要是：省级财政分配的新增建设用地土地有偿使用费、市级财政下达的专项资金、土地出让收入用于农业土地开发的部分、涉农资金用于土地开发整理部分、本级财政收取的耕地开垦费、新增耕地指标流转收支盈余等。
（一）新增建设用地土地有偿使用费的管理。从2008年10月1日起，省下拨给我市的新增耕地建设用地有偿使用费，市级留成2%，由市国土资源局用于全市开展新增建设用地土地核查，开发整理项目审核论证，土地开发项目监督管理，新增耕地核查，建立基本农田信息与监督系统、占用耕地与补充耕地质量评定及土地开发整理新增耕地指标折算等工作，开展土地开发整理项目库和新增耕地指标数据建设、管理和维护，建立市、县（特区、区）共享的土地开发整理项目管理和耕地占补平衡管理信息系统。其余的98%，市国土资源局会同市财政局将上级下达的新增建设用地土地有偿使用费按照各县、特区、区基本农田面积、耕地后备资源面积、当年建设项目占用耕地计划数以及截至上年12月31日缴纳的新增建设用地土地有偿使用费等四个因素（四个因素所占权重分别为30%、20%、30%、20%）作为权重和参考依据按项目落实至各县、特区、区，专项用于基本农田建设和保护、土地整理、耕地开发等支出。
