（一）管理体制不顺。由于历史原因，目前黑河水资源由市、区水行政主管部门分别管理，市水务局设立黑河干流管理总站负责管理枢纽和西总干渠，甘州区水务局设立黑河总口水管所，负责管理黑河东总干渠及所属大满、盈科、龙洞、西洞干渠。两个水管单位相距不足百米，共同履行同一职责，职能重叠、体制不顺，严重影响上下游三县区的均衡受益和黑河水资源的总量控制、合理配置。
（二）水费收缴困难。原行署[1998]1号文件批复：草滩庄枢纽工程运行经费由三县区受益灌区按用水量分摊，每年应征水费350万元，但目前实际征收不足150万元，仅占应征水费的36%，远未能足额到位。黑河干流管理总站属单纯的工程管理单位，仅履行工程管理职能，灌区配水及水费收取由受益县区承担，造成工程管理和用水管理分离，受益县区灌区以种种理由不按规定缴纳水费，造成草滩庄枢纽工程管理经费严重短缺，正常运行十分困难，职工工资长期不能按时发放，已累计拖欠职工工资及“四金”150多万元。
（三）工程严重老化失修。受资金短缺的制约，枢纽工程建成二十年来，没有进行过大的维修，重大病险隐患日益突出，严重威胁甘、临、高三县区100多万亩农田灌溉和下游防洪安全。2000年工程已被省上鉴定为三类病险水闸，须经除险加固才能正常运行；另外黑河西总干渠投入使用16年，部分渠段破烂不堪，受黑河调水冬灌时间推迟影响，渠道冻胀破坏严重，输水能力已减少到设计流量的70%，水毁事故时有发生，已严重影响工程的正常运行。
三、改革的内容和任务
（一）明确职责。黑河干流管理总站隶属于市水务局管理的科级事业单位，该站自2000年实施黑河水量调度以来，工作重心及管理任务发生了较大的变化。其主要职责是：
1、承担重要的防洪任务。充分应用枢纽工程的防洪功能，科学调度洪水，最大程度削减洪峰，确保黑河下游10公里处张掖市区的防洪安全、确保黑河下游五里墩工业区、东北郊湿地开发区以及铁路、公路、乡镇、农田等安全度汛。
2、承担黑河调水任务。执行年度调水方案，负责调水现场监督。
3、承担张掖市引水入城和湿地补水的工作任务。
4、承担重要的农业灌溉供水任务。
5、负责落实黑河中游水资源配置方案，实施总量控制。
6、负责黑河草滩庄枢纽和东、西总干渠的工程管理任务。
酥油口水库职责：酥油口水库管理所隶属于市水务局管理的科级事业单位。主要承担着民乐县酥油口灌区和甘州区安阳灌区的5.16万亩农田和0.5万亩林草地的灌溉任务。具体履行向灌区供水调度管理的职能；承担酥油口水库所辖灌区的水资源配置和水资源总量控制的统一管理；同时还承担水库的防洪渡汛等重大职责。
