市三防指挥部由市委副书记、市长任指挥，分管市委常委、东莞军分区司令员、市政府分管副市长、市政府分管副秘书长、市水利局局长等领导任副指挥，市委宣传部、市委政法委、市水利局、市发改局、市经贸局、市公安局、市民政局、市财政局、市国土资源局、市建设局、市环保局、市交通局、市农业局、市卫生局、市海洋与渔业局、市城管局、市安监局、市供销社、东莞海事局、市气象局、中国电信东莞分公司、东莞供电局、石龙水文站等部门为成员。市政府对全市三防工作负总责，各有关部门按职能分工积极配合，共同协作做好防旱抗旱救灾工作。
市三防指挥部建立专业人才库，根据实际需要聘请水利、气象、水文、卫生、交通、通讯、供电等有关专家组成专家组，为抗旱救灾提供决策咨询和建议，必要时参加抗旱救灾的应急处置工作。
3.2 职责
（1）市三防指挥部：负责组织、指挥全市的抗旱工作，主要职责是组织制定主要河流跨镇街的调水方案，及时掌握全市旱情、灾情并组织实施抗旱减灾措施，统一调控和调度水资源，组织灾后相关协调工作。
（2）市三防办：承办市三防指挥部的日常工作，及时掌握全市旱情、水情；根据市三防指挥部决策，具体统一调度全市骨干抗旱与供水工程；组织拟定东江干流及主要支流和重要水库调度运用办法及重点镇街的抗旱预案，并监督实施；指导、督促镇街三防指挥所制定和实施抗旱预案；负责上级抗旱补助经费、市级抗旱经费、抗旱用电指标计划安排；组织、指导抗旱服务队的建设和管理；组织全市抗旱指挥系统的建设与管理等。
（3）市委宣传部：负责把握全市抗旱宣传工作导向，及时协调、指导新闻单位做好抗旱宣传报道工作。
（4）市委政法委：负责督查各级行政首长抗旱责任制落实，掌握党政领导干部在组织抗旱工作中履行职责及遵守抗旱纪律情况。
（5）东莞军分区：根据旱情需要，组织部队担负抗旱应急送水以及执行有关重大的抗旱紧急任务。
（6）市水利局：负责承担组织、协调、监督、指导全市抗旱的日常工作。负责旱情监测预报，为市政府、市三防指挥部组织抗旱当好参谋，对重点水利工程实施抗旱调度。
（7）市发改局：负责指导制定抗旱规划工作。负责抗旱指挥系统建设、抗旱水源工程等计划的协调安排和监督管理。协调落实农业排灌和抗灾用电指标。负责抗旱期间市级储备粮的调动，保障灾民粮油供给。
（8）市经贸局：负责协调邮政、通信、电力、商业、物资等部门的抗旱救灾工作；指导所属企业抗旱工作，指导重点企业调整作业时间，避峰用电和生产安全。
（9）市公安局：负责维护社会治安秩序，保障运送抗旱人员和物资的道路交通安全畅通。打击偷窃抗旱物资、破坏抗旱设施和干扰抗旱工作的违法犯罪活动。协助有关部门妥善处理因抗旱引发的群体性治安事件。
（10）市民政局：负责全市旱灾的救灾工作。对受灾困难群众实施救助安置。负责灾情统计和核查，统一发布灾情及救灾工作情况，及时向市三防指挥部提供灾情信息。管理和分配救灾款物并监督检查其使用情况。组织、指导和开展救灾捐赠工作。
（11）市财政局：负责筹集抗旱资金，按照市三防指挥部确定的分配方案，及时下拨上级和市级抗旱经费并监督使用。
（12）市建设局：指导城乡供水节水。
（13）市环保局：负责水环境质量应急监测。加强对水环境污染的监督管理，防止饮用水源地污染造成水质性缺水，调查处理突发性水污染事故，及时向市政府、市三防指挥部报告地表水水质状况，并向市政府提出限制或暂停工业污水排放的建议。
（14）市交通局：负责公路和水运交通设施的安全，优先运送抗旱救灾人员、物资和设备。
（15）市农业局：负责掌握农业旱灾情况，负责农业生产救灾指导和技术服务，负责抗旱机具的供应和维修，组织农业抗旱服务队投入抗旱，做好灾后农业生产自救和生产恢复工作。
