自治区政府各部门的人员编制依据其职责调整变化情况实行动态管理，有减有增，部门编制总量原则上不得突破机构改革前的人员编制总量。新组建部门依据其承担的职责任务和工作量的大小重新核定人员编制；由事业单位改为政府工作部门或并入政府工作部门的，根据工作需要相应核增行政编制，同时核销其事业编制；编制单列和垂直管理的部门要按照精简机关、充实基层的要求，调整充实一线和基层执法力量。
部门内设机构限额设置。进一步综合设置内设机构，各部门和单位现有内设机构原则上按不低于10％的比例进行精简，每个处室的人员编制原则上不少于5名。
政府工作部门的内设机构规格为正处级，内设机构名称不要求与国务院相关部门内设机构名称相对应。
严格控制领导职数。自治区政府工作部门的领导职数按1名正职和2— 4名副职配备，不设部门领导助理。部门“总师”设置原则上与国务院相关部门相对应，按所在部门副职行政级别配备。内设机构领导职数依据处室任务和人员编制分类确定，一般按1名正职和1名副职配备，处室任务重、人员编制多的可增配1名副职。
二、改革的方法步骤
自治区政府机构改革工作从2009年1月下旬开始，2009年3月底结束，力争用2个月左右的时间完成改革任务，切实做到职责任务到位、机构设置到位、领导班子到位、工作人员到位。具体工作分四个阶段进行：
（一）动员部署阶段（1月20日— 1月23日）
召开自治区政府机构改革动员大会，安排部署机构改革实施工作。各部门要认真传达学习中央、自治区的有关文件精神，按要求制定工作方案，召开动员会议，统一思想认识，奠定思想和工作基础。
（二）“三定”工作阶段（1月31日— 3月15日）
自治区政府组成部门、直属特设机构、直属机构、部门管理机构、议事协调机构的办事机构以及承担行政职能的政府直属事业单位都要进行定职责、定机构、定编制工作。各部门的“三定”规定由部门研究提出，经自治区编办审核、自治区编委审定后报自治区政府审批。具体工作按照自治区人民政府《关于认真做好自治区人民政府各部门“三定”工作的意见》执行。
自治区设在市县的垂直管理机构的“三定”工作与市县政府机构改革同步进行。
（三）定岗定员阶段（3月16日— 3月31日）
各部门的“三定”规定印发后，要立即组织实施。在按新职责、新机构运行的同时，切实做好定岗定员工作，严格按照核定编制和领导职数配备部门、处室领导干部和工作人员。自治区组织、人事部门要加强对定岗定员工作的指导，统筹做好政府工作部门特别是机构调整变动部门有关人员的调整和安排工作，确保定岗定员工作落到实处。
（四）检查验收阶段
