（一）第一阶段（动员摸查阶段，2009年1月1日至1月31日）。
对全市饮用水源保护区内和河涌范围内排污单位污染现状进行深入调查，各区、县级市政府结合污染源普查数据，摸清违法设置排污口数量、位于集污范围内但废（污）水未排入城镇污水处理系统的排污单位数量。
（二）第二阶段（全面整治阶段，2009年2月1日至12月31日）。
重点整治饮用水源保护区和集污范围内直接向江河湖泊等水环境排放污染物的排污单位。整治的顺序为先饮用水源一级、二级保护区内排污单位，后饮用水源准保护区内排污单位；先餐饮服务、房地产开发、畜禽养殖等生活污水排污单位，后工业企业等生产废水排污单位；先排放量大的单位，后排放量小的单位。
1．市直有关部门、单位和各区、县级市政府根据前期摸查的情况，分批次、分时段开展查处、强拆、关闭、停水、停电等工作。
2．整合各部门力量，发挥媒体宣传、舆论监督的作用，形成全社会重视和参与综合整治工作的氛围。
（三）第三阶段（巩固提高阶段，2010年1月1日至6月30日）。
对全面整治阶段遗留的难点问题进行梳理分类，重点攻坚。各部门向广州市禁止向江河湖泊直接排放污水综合执法领导小组办公室提交工作总结，由领导小组办公室汇总并总结经验。
（四）第四阶段（持续完善阶段，2010年7月1日之后）。
在回顾总结前3阶段工作的基础上，建立健全进一步完善监督管理和执法的长效工作机制及实施方案。
五、保障措施
（一）组织保障。
成立由苏泽群常务副市长任组长的广州市禁止向江河湖泊直接排放污水综合执法领导小组，具体由市环保局、水务局牵头，成员单位包括：市环保局、水务局、工商局、城管局、规划局、建委、国土房管局、卫生局、市容环卫局、农业局（海洋渔业局）、劳动保障局、财政局、公安局、物价局、法制办、监察局，广州供电局、广州海事局及各区、县级市政府。领导小组下设办公室，由市环保局、水务局、工商局、城管局派员组成，日常工作由市环保局负责。
各区、县级市政府参照市的做法相应成立整治工作机构。
（二）工作制度。
1．联席会议制度。领导小组成员单位参加由市主要领导每月主持召开的污水治理工作会议，汇报工作进度，研究解决工作中遇到的问题，部署综合整治工作。
2．定期督办制度。由领导小组办公室定期督促各相关单位按期完成阶段性目标。各相关部门明确工作责任人，并根据阶段性目标的具体要求，定期以书面形式向领导小组办公室报告工作进展情况、存在问题和下一步工作计划。
