十一、市经贸委：组织指导工业污染防治工作，指导并监督各地加快产业结构优化调整和企业环保技术改造，推进清洁生产，发展循环经济，淘汰落后产能，依法关闭重污染企业。
十二、市科技局：负责水污染防治关键技术立项研究与工程示范。组织开展围绕入湖河道的富营养化形成和及消除机理等基础性研究。
十三、市纪委（监察局）：负责对太湖流域各级政府及其相关职能部门、国家公务员履行太湖水污染防治职责的情况实施行政监察；组织参与重大水污染事件的调查，对不依法履行职责而造成重大水污染事件的有关部门和责任人员追究行政责任，并监督落实。
十四、市财政局：负责落实、指导和监督太湖水污染防治资金筹措工作，把环保投入作为政府建设投资和财政支出的重点，支持太湖水污染防治重点工程建设，引导多元化社会资本加大对环保的投入。负责落实市财政用于水污染防治的资金投入，对太湖流域各辖市、区财政资金落实情况进行监督检查。配合市环保局推行排污权初始有偿取得、排污权交易和环境资源区域补偿。
十五、市农林局：负责种植业、畜禽养殖面源污染防治工作，指导合理使用化肥、农药，调整畜禽养殖业布局和规模。组织指导测土配方施肥、病虫害综合防治工程。组织实施农业固体有机废弃物和规模化养殖场粪便资源化利用工程。建立环太湖地区生态沟渠塘系统。推进分散居住农户生活污水生态净化处理。控制种养水生植物。负责太湖流域生态防护林、生态湿地、生态隔离带建设。会同有关部门做好生物多样性保护等生态系统恢复、保护和建设工作，做好退耕、退渔、退养还林工作。
十六、市建设局：负责城乡饮用水安全保障、城乡污水处理工作。组织实施区域集中供水工程，建设备用水源，建立饮用水应急处置预案，确保安全供水。负责城市节约用水工作。组织实施城乡生活污水处理厂（设施）、配套管网、以及城镇污水处理厂除磷脱氮、中水回用、污泥规范化处置等建设工程。加强城市排水管理和对城市节水工作的指导。指导和促进城市环境基础设施建设和运营的企业化、专业化、社会化工作。组织实施农村居民点集中式生活污水处理示范工程，
十七、市城管局：负责城乡垃圾处置工作。组织实施城乡生活垃圾处理设施建设。推行“组保洁、村收集、镇运转、县处理”的城乡生活垃圾一体化处置模式，建立健全长效管理机制。
十八、市交通局：负责通航建筑物工程建设、水上运输船舶污染防治工作。负责实施船舶垃圾、粪便、油废水的收集和处置工程。
十九、市水利局：负责实施重大环境水利工程，落实调水引流和生态清淤各项工程措施。合理配置水资源，严格取水排水管理，强化节水措施。负责与上级水利部门与省太湖办联系沟通，加强水量调控，确保生态用水需要。负责调水引流、尾水通道工程建设。负责河道清淤工程。加强集中式饮用水源地保护。
二十、市农机局：负责牵头组织实施秸秆综合利用与资源化利用，提高秸秆的综合利用水平，完成年度秸杆综合利用率考核指标。
二十一、市环保局：履行环境保护统一监管职责，强化环境执法，加强环境监管。组织协调流域重大环境问题的解决方案，组织对成员单位水污染防治工作进行监督检查。牵头组织水质监测、应急监测预警。负责太湖流域水质自动监测系统建设和管理，负责水环境监管信息共享平台建设和水环境信息统一发布。推行排污权有偿取得、排污权交易、环境资源区域补偿。组织开展集中式饮用水源地专项整治。
