1、坚持自愿性清洁生产审核与强制性清洁生产审核相结合的原则，鼓励和支持企业进行自愿性清洁生产审核。各有关部门在对企业新、扩、改建工程办理审批、核准和备案时，鼓励其开展自愿性清洁生产审核工作，对提供清洁生产审核报告文件的企业给予一定优惠。在企业制订的节能规划和循环经济试点实施方案中应包含清洁生产内容；资源综合利用企业要在两年内完成清洁生产审核工作。各重点耗能企业要将能源审计与清洁生产紧密结合起来，各有关部门在着力推进重点耗能企业节能工作的同时，引导企业进行清洁生产审核工作。鼓励已获名牌名标的企业用二至三年时间达到清洁生产要求。
2、对于污染物排放超标超总量的污染严重企业、使用或排放有毒有害物质的企业，根据《
清洁生产促进法》第
二十八条规定严格依法实施强制性清洁生产审核。相关部门根据《
清洁生产审核暂行办法》（国家发展和改革委员会、国家环保总局〔2004〕第16号令），对实施强制性清洁生产审核企业名单予以公布，并监督列入名单的企业实施强制性审核，对违反《
清洁生产促进法》规定的企业要依法处罚。
凡列入环保限期治理的企业，应在确定末端治理方案之前进行清洁生产审核，通过实施清洁生产降低末端处理压力和污染治理装置的运行费用，实现企业排污稳定达标。
3、排污许可证的发放应参考清洁生产审核结果。在排污申报登记的基础上，重点排污企业和进行总量控制的企业要汇报清洁生产审核情况，并将审核结果作为核定企业污染物排放总量的重要依据。
4、在企业新建工程、技术改造、设备更新及新产品开发过程中，提倡进行清洁生产审核。建设、规划、国土、环保等部门应鼓励企业提交清洁生产审核报告，对通过清洁生产审核的企业在相关项目审批、核准时给予适当倾斜，并要求企业参照审核报告提出的节能减排最优方案实施建设。
参照国家发展和改革委员会审批、核准项目的要求，落实固定资产投资项目节能评估和审查工作；严格执行建设项目能耗审核制度，对达不到合理用能标准和节能设计规范要求的项目，依法不予审批和核准，做到在项目立项时就考虑清洁生产。
