⑷、栖息地的单一化和破碎化。由于淤积以及造纸企业对原材料的大量需求，全流域芦苇地大规模扩散，替换了对越冬水禽很重要的湿草甸、沼泽地、滩涂地和浅水区，导致栖息地的生境单一化，从而使珍稀越冬候鸟的群落以及种群的数量呈现下降趋势。将泛洪湖泊与长江隔离，也减少了经常在各湖泊中活动的鱼类的产卵、觅食生境，这样最终导致洞庭湖中鱼种类及数量的减少。湖泊阻隔还影响到长江中游珍稀濒危物种的生存，并对鱼类多样性的组成，尤其是洄游性鱼类构成比例产生重大影响。湖泊被阻隔，既有自然原因也有人类过度开发的因素。
　　⑸、外来生物入侵。目前洞庭湖湿地入侵物种约11种，包括入侵植物水葫芦、空心莲子草、豚草、意大利杨、美国黑杨；入侵动物有克氏原螯虾、白蚁、蔗扁蛾、湿地松粉蚧、美洲斑潜蝇、美国白蛾等。近年来洞庭湖保护区区大量引种意大利杨、美国黑杨，这两种耐水速生的杨树品种已使洞庭湖保护区许多湿地出现植被群落结构简单化，如果不加控制的话，很容易导致洞庭湖湖泊湿地生态系统向森林生态系统演化，破坏湖泊湿地的自然演替。
　　⑹、非持续性渔业生产
　　据调查，洞庭湖渔民数量约60万人，其中20万人为专职渔民，过于庞大的渔业从业人员必将导致渔业资源的过度利用。而采用毁灭性捕鱼方法包括捕捞产卵鱼、使用小眼网捕鱼、电鱼、干塘等等，对鱼类种群的可持续增长产生严重的长期后果。人为阻隔使洞庭湖保护区湖泊鱼类品种减少，从调查的情况看，目前大湖养殖强度和范围不断增加，除少数湖泊外，几乎所有的阻隔湖泊都存在不同程度的养殖，这对野生鱼类的发展构成威胁，与此对应的是各湖泊的渔业产量持续下降，现有产量不到原有产量的一半。
　　2.2.2　保护管理方面存在的威胁
　　① 部门之间各自为政，不利于生物多样性保护工作的顺利开展。洞庭湖湿地的生物多样性保护工作涉及到多个部门和地市，各部门和地方政府往往出于自身利益考虑，在管理过程中职责交叉，常形成管理的混乱局面和死角，导致生态保护效果不明显；在对生态资源的开发利用方面，部门或地方规划往往不能很好地服从于经济发展的长远战略利益，并诱发急功近利的经济行为，导致资源的过度开发利用，造成生态环境的破坏。
　　② 生物多样性保护水平不高。洞庭湖区目前已建立了5个湿地类型自然保护区，但保护区管理水平总体上还不高，经费投入不足，资源保护措施难以落实。湖区生态环境的破坏行为杜而不绝，边保护边破坏、边治理边破坏的现象仍普遍存在。

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