水利部门负责水资源的开发利用与保护、水库的建设与管理、防汛抗旱、河道管理、水土保持，以及水利工程的建设中的生物多样性保护工作。
除此之外，发展改革委员会、经济委员会、科技、建设、教育、公安等部门依照各自的职能从事生物多样性保护工作。
3.2 生物多样性保护政策的执行
生物多样性保护工作作为一项紧迫的战略任务，受到我国政府的高度重视。国家明确规定把保护环境和维持生态平衡的良性循环，作为社会主义现代化建设的一项基本国策。在生物多样性保护的政策执行过程中，采取国家统一监管和部门分工负责相结合的机制，成立了由前国家环保总局牵头，国务院22个部委参加的中国履行《生物多样性公约》工作协调组，在国家环保总局成立履约办公室，并建立了国家履约联络点、国家履约信息交换所和国家生物安全联络点。制定了由17个部门参加的生物物种资源保护部际联席会议制度，定期研究生物多样性保护工作中的重大问题，协调保护行动。加强生物多样性保护立法和执法，中国已先后颁布一系列有关环境保护的法律、法规，其中有许多关系到生物多样性的保护。
上述政策措施在湖南省也得到了较好的贯彻执行。近年来，湖南省各级政府和有关职能部门在省人民政府的统一领导下，积极开展了洞庭湖生物多样性的保护工作。
（1）加强洞庭湖生态系统的恢复。开展了大规模的平垸行洪、退田还湖、移民建镇、退耕还林、湿地生态林建设等生态系统保护、恢复和建设工程，通过以上工程和项目的实施，有利地促进了生态系统保护、恢复和质量的提高。
（2）建立保护系统，实施对洞庭湖湿地生态系统的全方位保护。目前，洞庭湖湿地共规划建设自然保护区5个，面积43.61万公顷。通过多年来的建设，自然保护区的基础设施得到了不同程度的改善，保护管理能力得到一定程度的提高。
（3）开展广泛宣传教育，增强全民生物多样性保护意识。每年利用“国际生物多样性保护日”、“世界环境日”、“国际湿地日”等开展宣传活动，有效地提高了洞庭湖周边群众的保护意识，为保护洞庭湖湿地生态系统和生物多样性创造了良好的社会环境。
（4）建立和完善湿地保护管理机构。成立了洞庭湖生态环境保护监测机构，负责对洞庭湖水质、底质、水生生物、生物多样性、湿地生态等情况的常年监测工作，开展湿地生态保护研究，为湿地保护工作和湿地科学研究提供技术支撑。组织开展了洞庭湖生态环境现状调查、湿地资源调查，针对洞庭湖区非法捕猎、种植杨树、外来物种的影响等进行了执法检查。
