本专项资金由各区卫生行政主管部门负责汇总申报，经区财政部门审核确认后报市卫生行政主管部门，再由市卫生行政主管部门加具意见后送市财政部门审核。对市本级财力负担的部分由市财政部门直接将专项资金通过转移支付的方式拨付到各区财政部门，由各区财政部门负责统筹拨付和监管。
为了简化资金申报手续，各区对已建成并投入使用的农村卫生服务机构，采取按年汇总申报全年日常经费的办法，并在每年第一季度终了10个工作日内统一申报；对新建成的农村卫生服务机构每季度汇总申报一次；对社区卫生服务机构的购买服务经费每季度申报一次。
第五条 专项资金的分担和计算原则
市本级财力对农村卫生服务机构的日常经费实行定额补助。每个服务机构每年10万元的补助标准是由市、区两级财力按比例共同负担的。其中市与各行政区分担比例是：2008年（包括2007年已开始运营的机构）为7︰3；2009年为6︰4；2010年及以后年度为5︰5。市与经济功能区（含高新区、万山区、高栏港区）分担比例不分年限均为5︰5。对当年新建成并投入使用的农村卫生服务机构日常经费补助按实际运行的月份计算。
政府向社区卫生服务机构购买医疗服务采取事后结算的方式，购买服务经费也是由市、区两级财政按比例负担。按市政府《关于印发珠海市推行“小病治疗免费”实施试点方案的通知》精神，对社区卫生服务机构在试点阶段（2007年11月至2008年6月）的试点经费由市本级负担，从2008年7月开始，市与各区按上述分担比例执行。同时，对购买服务的经费按确定的定额包干限额支付，即在定额包干内按实际服务数量购买，超过定额包干的以定额包干数量为上限限制购买。
区、镇两级政府应按市政府《关于印发珠海市推行“小病治疗免费”实施试点方案的通知》，建立对农村卫生服务机构实行财政全额补贴和收支两条线管理的机制，加强对农村卫生服务机构的投入和管理，根据各镇不同的财力状况，对每个农村卫生服务机构每年10万元定额补助之外的经费收支由区或镇进行统筹收取或补贴，具体办法各区可自行研定。
第六条 考核和监管
市区两级卫生行政主管部门负责对小病治疗免费工作进行考核，考核办法以全面考核和重点考核相结合、服务数量和服务质量考核相结合、业务考核和管理考核相结合为原则。
