（一）农牧民合作医疗资金筹集实行农牧民个人缴纳，中央、区、州、县四级财政补助，以增强抗风险能力。
（二）农牧民个人缴纳的合作医疗资金每年筹集一次，标准为每人每年30元，筹资从每年的10月1日开始至12月25日截止，由乡镇合管办负责，以户为单位，使用财政统一票据向农牧户收取。12月31日前划入合作医疗基金财政专户，乡镇合作医疗专用过渡户帐面余额为零。合作医疗基金实行财政专户集中支付制度。
（三）乡镇中的特殊优抚对象、五保户、残疾困难户及其他特困家庭成员个人交纳的全部资金由民政部门负责解决。
（四）各级财政为参加合作医疗的农牧民每人补助金额是：中央财政40元；自治区财政40元；州、县财政20元。
第十八条 新型农牧区合作医疗基金分为门诊统筹基金、住院统筹基金、风险储备基金三大块。
（一）合作医疗风险储备金的构成：提取农牧民个人缴纳和各级财政为参加合作医疗的农牧民补助总金额的3%，主要用于抗不可预测风险。合作医疗风险储备金帐户中的基金和利息可每年积累，滚动发展。
（二）门诊统筹基金的构成：提取总统筹医疗基金20%的资金，作为门诊统筹基金，利息和节余可每年积累，滚动使用。
（三）住院统筹基金的构成：提取总统筹医疗基金77%的资金，主要用于按比例补偿参加合作医疗的农牧民住院发生的费用，利息和节余可每年积累，滚动使用。风险储备金累积达合作医疗总基金的10%后，不再提取风险储备金，将总基金的20%划为门诊统筹基金，总基金的80%划为住院统筹基金。
第十九条 门诊统筹基金、住院统筹基金和风险储备金分别核算、分开管理，不得相互挤占。
第二十条 门诊统筹基金、住院统筹基金不属于参加新型农牧区合作医疗人员个人所有，个人筹集部分资金未使用或剩余部分，全部纳入新型农牧区合作医疗统筹基金，不得抵缴下一年度新型农牧区合作医疗筹资款，也不得退返现金。
第二十一条 参合农牧民以家庭为单位，2008年12月31日前，原家庭帐户资金未使用完的，必须先使用家庭帐户资金，家庭帐户资金未清零的参合农牧民，不得进入门诊统筹。
第二十二条 门诊统筹基金用于农牧民门诊医疗费用补偿。门诊补偿，是指对参加新型农牧区合作医疗人员在定点医疗机构门诊就诊所发生的有效医药费用按比例实行的补偿，除糖尿病、高血压、脑出血及脑梗塞恢复期、肺心病、风湿类疾病、恶性肿瘤、肾功能衰竭、精神分裂症、克汀病、结核病、恶性肿瘤和器官移植后的后续治疗等慢性疾病，按规定已办理慢性疾病门诊专用病历，并纳入统筹补偿的门诊医药费用。
第二十三条 住院统筹基金用于支付农牧民住院医疗费用。补偿住院医疗费时，在有效医药费用范围内，扣除相应起付线后，再补偿。起付线标准以下的住院费用由参加合作医疗的农牧民个人支付，起付线标准以上的住院费从住院统筹基金中按比例计算后补偿。一年内多次住院的只扣除一次起付线（以住院最高级别定点医疗机构标准计算），转往县及县外定点医疗机构住院的，若已住过院并扣除起付线金额的，再计算起付线时只计算相应的差额部分。
第五章 费用的补偿和基金的使用
第二十四条 定点医疗机构相关工作人员应履行事先告知义务，告知病人发生的所有门诊、住院费用应在规定的时间内办理补偿结报手续。定点医疗机构相关人员未事先告知病人的，所有发生的医药费用由接诊医疗机构按规定比例给予补偿，合作医疗基金不予补偿。
