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汇总纳税企业的管理
（1）充分利用总局建立的跨地区汇总纳税企业信息交换平台，实现总分机构所在地税务机关信息传递和共享。
（2）总机构主管税务机关督促总机构按规定计算传递分支机构企业所得税预缴分配表，切实做好汇算清缴工作。
（3）分支机构主管税务机关监管分支机构企业所得税有关事项，查验核对分支机构经营收入、职工工资和资产总额等三项指标以及企业所得税分配额。
（4）核实分支机构财产损失。
事业单位、社会团体和民办非企业单位的管理
（1）通过税务登记信息掌握其设立、经营范围等情况并纳入管理。
（2）督促其按照税法规定正常纳税申报。
（3）加强非营利性组织资格认定和年审。
（4）严格界定应征税收入、不征税收入和免税收入。重点审核财政拨款的证明、政府性基金纳入预算管理或预算外资金专户管理的证明文件，不上缴财政专户管理的财政部门的核准文件、专项补助收入的拨款证明、收取会费的批复文件、政府资助等证明资料。
（5）加强成本费用的管理。严格按照规定的范围、标准计算准予税前扣除的成本、费用和损失。应税收入、不征税收入和免税收入相关的成本费用要分别核算。难以划分清楚的，要合理确定与应税收入有关的支出项目和不征税收入、免税项目有关的支出项目的分摊比例。
（6）加强审核工作。对纳税申报中的应税收入、不征税收入和免税收入与财务报表、日常管理信息进行审核比对。分析扣除项目纳税调整情况、各支出项目的合理性。
减免税企业的管理
（1）加强企业优惠资格认定工作。要严格按照税法和政策规定减免税收，执行减免税申报制度。
（2）落实优惠政策。严格按照优惠政策的适用范围、具体标准和条件，审核、审批减免税，减少审批、审核层次，简化审批、审核手续和资料，实行集体审批制度。
（3）对享受优惠政策的企业应建立台账管理，并实行跟踪管理。
（4）加强对纳税人已享受减免税情况的监督和检查。每年定期对纳税人减免税事项进行清查、清理和整顿，并将减免税情况作为税源管理的重要内容，定期进行跟踪检查，关注并及时发现减免税执行中出现的新情况和新问题，及时研究和采取完善政策、加强管理的措施。发现不符合优惠资格或者条件的企业，及时取消其减免税资格。
异常申报企业的管理
对连续三年以上亏损、税负变动大、长期微利微亏、跳跃性盈亏、减免税期满后由盈转亏或应纳税所得额异常变动的企业要作为纳税评估、税务检查和跟踪分析监控的重点。
企业特殊事项的管理
对企业合并、分立、改组改制、清算、股权转让、债务重组、资产评估增值以及接受非货币性资产捐赠等涉及企业所得税的特殊事项，实行企业事先报告和税务机关跟踪管理制度。重点加强对资产增值、亏损额及其弥补亏损的管理，分立企业重点对分立后财产损失的分割、亏损额的划分以及历年欠税的清缴等涉税事项的管理，促使企业规范运作，防止企业所得税流失。
4.非居民企业管理
（1）非居民企业所得税具有税源流动性大、隐蔽性高、时间性强等特点，税收收入易流失，税收征管难度大，在多数国家被列为税收征管高风险领域。因此，各地要建立健全非居民企业所得税税源日常监控机制，把握其流动规律，注意拓展信息来源，及时掌握相关信息，进行有效征管。
（2）各级国税机关要充分利用国际税收协定、税收情报交换、纳税评估、反避税等手段，及时掌握非居民企业在我区投资经营活动情况，研究分析非居民税收管理的薄弱环节，制定管理措施，切实加强外国企业在中国境内设立常驻代表机构等分支机构管理、非居民企业承包工程和提供劳务的管理，规范和加强中国居民企业对外支付以及国际运输涉及企业所得税的管理。
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